كثفت إدارة التطهير بوكالة شؤون المسجد النبوي جهودها في تطهير وتعقيم المسجد وساحاته ومرافقه خلال ليلة الختمة، حيث تُعنى الإدارة بتهيئة المسجد للزوار والمصلين ليؤدوا عبادتهم براحة ويسر. تطهير بأحدث المعدات:  ومن الأعمال التي تقوم بها إدارة التطهير والتعقيم الإشراف على تطهير المسجد بأحدث المعدات وأجود أنواع المنظفات الصديقة للبيئة على مدار الساعة ليبقى مكاناً نظيفاً مهيأً للصلاة والعبادة، حرصاً على توفير أرقى وأعلى مستويات الخدمة للزوار والمصلين. كما تقوم إدارة تطهير المسجد النبوي بمتابعة أعمال تطهير المصليات داخل المسجد النبوي من خلال أجهزة التعقيم الحديثة ومن مواد ذات فاعلية، وتعقيم الأسطح والأرضيات والممرات والأبواب من الداخل ومن الخارج وتوفير قرابة 87 معدة من معدات التنظيف تستخدم داخل المسجد منها 15 معدة لتعقيم كراسي كبار السن ومواقع تلامس الأيدي، ويتم استخدامها على مدار 24 ساعة، وتتم أعمال التنظيف والتعقيم 10 مرات يومياً قبل وبعد الفروض الخمس من خلال 13 معدة داخل الحرم و25 مكنسة مستخدمة لتنظيف السجاد يومياً والمكائن المستخدمة في غسيل أرضيات الساحات والمواقف والتوسعات بعدد 13 ، كما اسُتحدث جهاز جديد وهو ( البيوكير ) الذي يستخدم لتعقيم وتنقية الأسطح والأجواء داخل المسجد بالتبخير الجاف، وشفط الأتربة منها و إرسال العينات للمختبر للتأكد من نظافة سجاد وملحقات المسجد. أكياس خاصة بالأحذية:  ووزعت الإدارة 20 لفة من الأكياس الخاصة بالأحذية على المصلين داخل المسجد، واستخدام 4800 لتر من المعقم المستخدم في قطاع المسجد عبر سيارات الغسيل، و19440 لتراً من المعقم المستخدم في المعدات، واستخدام 14640 لتراً من المعقم المستخدم في الساحات، بالإضافة إلى تنظيف 2600 دولاب أحذية يوميا، وبنسبة 10% يتم تلميع النحاسيات داخل المسجد النبوي. وتحرص وكالة شؤون المسجد النبوي في تقديم خدمات متكاملة، سعياً منها لتطوير منظومتها، بما يسهم في تهيئة مختلف الوسائل التي تمكن الزائرين والمصلين في المسجد النبوي من أداء عباداتهم بكل راحة وطمأنينة، وفق توجيهات القيادة الرشيدة – حفظها الله – في تقديم الخدمات كافة للمسجد النبوي وزائريه.