تكثف وكالة المسجد النبوي خدماتها وجهودها الأمنية من خلال إدارة الأمن بالوكالة, وذلك بتأمين الحراسة لعدد من المواقع ومنها مبنى الوكالة ومبنى الأكاديمية والمكتبة والمخطوطات ومحطة السقيا ومصلى الصم والبكم والمرافق والمصاعد والسلالم الكهربائية وذلك بكوادر بشرية يصل عددهم إلى 103 موظفين. وذكر مدير إدارة الأمن نواف بن صالح الجهني أنه يتم توفير وحدة أمن للمواقف حيث تقوم بتأمين مداخل ومخارج مواقف السيارات التابعة للوكالة , ووحدة أمن المحطة المركزية تقوم بتأمين المحطة المركزية للتكييف ومستودعات المحطة المركزية والمستودعات الجديدة (غرب المدينة) . وذكر الجهني أن من مهام الإدارة تأمين مراقبي أمن للمشاركة باللجان الداخلية للوكالة لمعالجة بعض الملاحظات والسلوكيات الخاطئة , وتأمين مراقبي أمن لتنظيم الدروس العلمية داخل المسجد النبوي. يأتي ذلك حرصاً من وكالة شؤون المسجد النبوي على تقديم الأمن والسلامة, وحراسة مباني الوكالة ومرافقها , ومواكبة التطور في جميع المجالات وذلك لتقديم أفضل الخدمات.