تنفرد مكتبة الحرم المكي الشريف نوادر المخطوطات، التي تعنى بتاريخ الحضارات الإسلامية الممتدة، العريق والمليء بالإنجازات العلمية والعملية. وتعد المخطوطات من التراث الإسلامي الثمين التي تقدر بأكثر من ثلاثة ملايين مخطوطة مبثوثة في مكتبات العالم الإسلامي وغيره، إذ أسهمت هذه الثروة العلمية الهائلة والمعرفية من المخطوطات في انتشار الحضارة الإسلامية. وفي جانب رقمنة تلك المخطوطات تسعى مكتبة الحرم المكي الشريف إلى تحويل محتوياتها إلى الصيغة الرقمية من خلال تحويل الكتب النادرة والصحف والدوريات إلى رقمية لمواكبة التقنيات الحديثة وتحقيق الخدمة السريعة. ولحفظ وحماية هذا التراث العربي والإسلامي والعناية به، جرى إنشاء مركز للمخطوطات يضم ما يزيد على 7849 عنوانا، إضافة إلى 372 مخطوطا غير عربي "فارسي، وتركي، وأوردو"، و2756 مخطوطا مصورا ورقيا. فيما قامت المكتبة بفهرسة المخطوطات إلى 554 فهرسا عربيا وإسلاميا، و31476 مخطوطا رقميا، كما جرى إعداد فهارس لهذه المخطوطات ليسهل الوصول إليها.