تواصل وكالة الرئاسة العامة لشؤون المسجد النبوي ممثلة في إدارة تطهير المسجد النبوي أعمالها وجهودها بشكل يومي بالإشراف والمتابعة لأعمال نظافة المصليات داخل أروقة المسجد النبوي من خلال أجهزة التنظيف والتعقيم الحديثة وبمواد ذات فاعلية عالية ليظهر مسجد رسول الله صلى الله عليه وسلم بما يليق به، تحقيقاً لتوجيهات القيادة الرشيدة أيدها الله. وتقوم إدارة تطهير المسجد النبوي بالإشراف والمتابعة ووضع الخطط والطرق والأساليب الحديثة لأعمال نظافة الأرضيات والأسطح والممرات وتعقيم المصليات من خلال أجهزة التعقيم المتطورة بمواد ذات فاعلية عالية في التعقيم والتنظيف من الداخل، وتتضافر الجهود بين كوادرها البشرية بتكثيف عمليات التنظيف والتعقيم والتطهير بأفضل وأجود المعقمات والمطهرات الصديقة للبيئة التي تسهم في توفير جو صحي وبيئة آمنة داخل المسجد النبوي ومرافقه. كما تقوم إدارة التطهير بمتابعة الأعمال والمهام المسؤولة عنها وتوفير الحاويات الخاصة بالنفايات وصناديق الأحذية، وأيضًا استخدام المعقمات لتعقيم وتطهير ساحات باب السلام والبقيع وباب النساء بكمية تبلغ ( 6300 ) لتر وبعدد (15) معدة خاصة بالتعقيم والتطهير، كما يتم توفير أكياس النايلون الخاصة بحفظ الأحذية والتي تبلغ (18000) كيس تقريباً بما يعادل ( 20 مجموعة ) في اليوم الواحد. حيث تستخدم الإدارة عدداً من المكائن لغسيل أرضيات الساحات والمواقف والتوسعات والتي يبلغ عددها ( 52 ) مكينة غسيل ، ويتم توفير كراسي لكبار السن التي تم توزيعها على مداخل المسجد النبوي والتوسعات وأقسام النساء ويبلغ عددها (10000) كرسي تقريباً، وغسيل وتعقيم الأرضيات داخل المسجد النبوي والتوسعات والساحات الخارجية (3) مرات يومياً وكلما دعت الحاجة للزيادة من خلال مكائن خاصة مزودة بمواد تعقيم وتطهير الأرضيات، كما تقوم الإدارة بتأمين المكانس الكهربائية لتطهير سجاد المسجد النبوي والتي يبلغ عددها (200 ماكينة)، فيما يبلغ عدد الدواليب الخاصة بالأحذية التي يتم تنظيفها وتعقيمها يوميًا (2800) دولاب. ومن ضمن الجهود المبذولة تكثف الإدارة أعمالها بتوفير أجهزة التعقيم بالبخار الجاف، والتي تعمل على تقليل انتشار العدوى بإذن الله، من خلال تعقيم الهواء والأسطح في آن واحد وبسرعة عالية وبشكل فعال، ويتحرك الجهاز على عجلات للتنقل، كما يتم تركيبه في جميع المواقع حسب الحاجة، كما أن المادة المستخدمة في جهاز التعقيم غير ضارة وغير قابلة للتآكل وهي صديقة للبيئة، وتقوم بهذه البرامج والأعمال عمالة مدربة على هذه الأعمال ويبلغ عددهم (1290) عاملاً، بالإضافة إلى (200) عاملة في القسم النسائي.