تسود الضبابية اسم المرشح لخلافة أيمن الظواهري في قيادة تنظيم القاعدة الإرهابي وسط أزمة الثقة بين فروع التنظيم وقياداته، مع وجود مرشحين بعيدين عن مقر التنظيم أو أقاموا طويلا بإيران أو يُرشحون على أساس علاقات المصاهرة. ورصد متخصصون في الجماعات الإرهابية أن مقتل الظواهري في كابول يكشف الاختراق الأمني للقاعدة، ومستقبل ضبابي للتنظيم الذي تراجع ودخل في حرب نفوذ مع تنظيم داعش الإرهابي. وعن جرأته في دخول العاصمة كابول تشير تقارير إلى أنه ذهب لتلقي العلاج من مرض عضال، مستقويا في ذلك بوجود حلفائه من شبكة حقاني في الحكومة. يعتمد الهكيل التنظيمي للقاعدة على مجلس شورى لإدارة التنظيم، وأبرز قياداته محمد صلاح الدين زيدان المعروف بـ"سيف العدل"، وأبو عبد الرحمن المغربي، صهر الظواهري، رئيس اللجنة الإعلامية في القاعدة. وكشف مدير قسم مكافحة الإرهاب في معهد “الشرق الأوسط” للدراسات "تشارلز ليستر”، في تغريدة على "تويتر" أن تنظيم القاعدة شهد في نوفمبر2020 أزمة "الخلافة" لأيمن الظواهري، وهي تشبه أزمة مماثلة في داعش. والرجل الثاني في القاعدة "سيف العدل" أبرز المرشحين لزعامة التنظيم، ولكن تشارلز ليستر يرى أن هناك ازمة ثقة تواجه "سيف العدل" لدى معظم منتسبي القاعدة، نظرا لاقامته في إيران سنوات طويلة. فيما ذكر تقرير للمركز الدولي لمكافحة الإرهاب (ICCT) أنه في حالة تولى "سيف العدل" قيادة القاعدة سيكون أميرا صوريا، فهو لا يعرف الكثير عن أنشطته الحالية، فيما تشير تقارير الأمم المتحدة إلى أنه إذا حاول الانتقال علنا لأفغانستان قد يواجه مقاومة من حكومة طالبان بسبب الضغوط الدولية. ويرجح الباحث في شؤون الجماعات الإرهابية أحمد سلطان لموقع "سكاي نيوز عربية" تولى أبو عبد الرحمن المغربي قيادة التنظيم. كذلك أشار مركز (ICCT) لمكافحة الإرهاب، لمرشحين آخرين، منهم أبو إخلاص المصري، قائد عمليات في القاعدة، ومحمد أمين الحق، أفغاني الجنسية، مسؤول أمن زعيم التنظيم السابق أسامة بن لادن، وعلي البكري، المعروف باسم عبد العزيز المصري، عضو مجلس شورى القاعدة، وهو خبير المتفجرات والأسلحة الكيميائية، ووضعت واشنطن مكافأة 5 ملايين دولار للإدلاء بمعلومة عنه. وهناك أيضا أبو تراب الأردني، و مصطفى حامد المعروف بأبو الوليد المصري، صهر سيف العدل، و قاري سيف الله أختار، وعبد الله أحمد عبد الله عضو في مجلس شورى القاعدة، ويعمل كمسؤول مالي وميسر ومخطط عمليات. تغيير الاستراتيجية ويتوقع الباحث في شؤون الجماعات الإرهابية منير أديب أن عمل تنظيم القاعدة من المرجح أن يتحرك نحو أيديولوجية تركز بشكل أكبر على النزاعات المحلية. وذكرت دراسة لمركز مركز ويلسون بواشنطن أن الظواهري اعتمد في قيادة التنظيم طريقة غير هرمية، أدت لعدم وجود سيطرة مباشرة على فروع التنظيم في الشرق الاوسط وأفريقيا وأسيا. ويعلق أديب لـ"سكاي نيوز عربية" بأن القاعدة ستبقى على اللامركزية، فكل فرع يعمل بشكل شبه مستقبل، ولكن مستقبل التنظيم سيحدده قدرة القيادة العليا على اختيار زعيم يحظى بثقة الفروع. ويرى سلطان أن التنظيم يعاني تراجعا كبيرا منذ مقتل بن لادن، ولكنه سيظل قائما ولن ينتهي.