ضمت المرحلـة الـثانية من مشروع الأمير محمد بن سلمان لتطوير المساجد الـتاريخية 5 مساجد بمنطقة مكة المكرمة؛ بهدف حماية نسيجها التاريخي وترميمها، إضافة إلـى إطالـة عمرها، والحفاظ على سلامة طابعها المعماري المتأثر بتغيّرات أنماط مناخ الأرض خلال القرون والعقود السابقة. ويمثل مسجد الـبيعة الـذي بناه الخلـيفة الـعباسي أبو جعفر المنصور بالقرب من جمرة العقبة بمشعر منى أول المساجد المستهدفة بالتطوير في منطقة مكة المكرمة خلال المرحلـة الـثانية من المشروع؛ لما يمثله من أهمية تبرز في سيرته الذاتية التي تشكّل الطريق الأمثل لفهم خصائصه والأسالـيب المناسبة لترميمه وتطويره. وستبقى مساحة المسجد بعد الترميم كما كانت قبله، إذ تقدَّر بنحو 457.56 م 2 ، فيما ستصل طاقته الاستيعابية لـ 68 مصليًا في وقت واحد. واستهدف المشروع تطوير مسجدين في محافظة جدة، أحدهما مسجد أبوعنبة في حارة الـشام، الـذي يعود بناؤه الأول لأكثر من 900 عام، وتصل مساحته قبل الـترميم إلـى 339.98 م 2 ، فيما ستكون بعد الترميم 335.31 م 2 ، وسيتسع لـ 357 مصليًا، بعد أن كانت طاقته الاستيعابية 360 مصليًا. أما مسجد الخضر الـواقع بشارع الـذهب في حي الـبلـد، على بُعد نحو 66 كلـم من المسجد الحرام بمكة المكرمة، فيعود بناؤه لأكثر من 700 عام، وستكون مساحة المسجد بعد ترميمه 355.09 م 2 ، فيما ستتسع صفوفه لنحو 355 مصليًا. ويأتي مسجد الفتح بمحافظة الجموم ضمن المساجد المستهدفة بالتطوير في المشروع، وستزداد مساحته من 455.77 م 2 ، إلـى 553.50 م 2 ، فيما سترتفع الـطاقة الاستيعابية للمصلين فيه من 218 إلى 333 مصليًا. وفي مركز ثقيف جنوب محافظة الطائف، يقع مسجد الجبيل المستهدف بالتطوير، حيث يعود تاريخ بنائه لأكثر من 300 عام، وستصل مساحته بعد الـترميم 310 م 2 ، فيما ستبقى طاقته الاستيعابية عند 45 مصلياً قبل وبعد الـتطوير. ويبلغ مجموع المساجد التي ستخضع لـلـتطوير في المرحلـة الـثانية من مشروع الأمير محمد بن سلـمان لتطوير المساجد التاريخية 30 مسجدًا موزعة على جميع مناطق المملكة، وسيتم تطويرها وفق آليات حديثة تضمن تكامل سلامة المواد والتصاميم المعمارية، بعد إجراء تقييم دقيق لـتاريخ كل مسجد وخصائصه ومزاياه.  47