انطلاقا من مكانتها الدينية والثقافية وأبعادها الحضارية والإسلامية، حظيت مساجد المدينة المنورة باهتمام مشروع الأمير محمد بن سلمان لتطوير المساجد التاريخية في مرحلته الثانية، حيث ضم 4 مساجد، بهدف الحفاظ عليها وإعادتها لأقرب صورة إلى حالتها الأصلية، فضلا عن الحفاظ على خصائصها الوظيفية، واستعادة رونقها وجمالياتها القديمة. وتستمد المساجد التاريخية في المدينة المنورة أهميتها من ارتباطها الوثيق بالسيرة النبوية الشريفة، وعدد من المواقع المرتبطة بالفترة الإسلامية، كالعلا التي تضم بين جنباتها آثار عديدة. ومن أبرز مساجد المدينة المنورة المستهدفة بالتطوير، مسجد بنى حرام الذي لا يبعد عن المسجد النبوي الشريف أكثر من 1.68 كم، وهو من المساجد التي صلى النبي عليه الصلاة والسلام في موضعها، وكان بناؤه الأول من حجارة الحرة البازلتية المنقوشة، ويهدف من تطويره ملاءمة المتغيرات الطارئة عليه بين الحقب التاريخية القديمة والحديثة، وتبلغ مساحته قبل الترميم 226.42 م²، وزادت 10 م²بعد التطوير، فيما طاقته الاستيعابية 172 مصليا قبل وبعد التطوير. وبجوار قلعة موسى بن نصير على الطريق بين العلا والحجر، تمتد أيادي التطوير إلى مسجد العظام الذي يعود تاريخه إلى عهد النبوة، إذ أن النبي صلى الله عليه وسلم حدد قبلته بعظام، في طريقه لغزوة تبوك في السنة 9 هجري، وتبلغ مساحته 773.34 م²، ويتسع لـ 580 مصليا بعد أن كان غير مستخدم. وفي وسط بلدة خيف الحزامي بوادي الصفراء، التابعة لمحافظة بدر، سيخضع مسجد الأمير رضوان كما يطلق عليه البعض للتطوير، وهو من بناء أمير الحج المصري رضوان الفقاري، وكان ذلك خلال أواسط القرن 11 هجري، وستطبق عليه أساليب تعكس روابط الأنماط البنائية القديمة للمنطقة بالأساليب المعمارية الحديثة، كما ستزداد مساحته بعد الترميم من 527.94 م²، إلى 603.35 م²، فيما ستصل طاقته الاستيعابية 180 مصليا بعد أن كان 150 مصليا فقط. وشمال شرق المدينة المنورة بـ 102 كلم، يسافر مشروع الأمير محمد بن سلمان لتطوير مسجد القلعة التاريخي الذي يزيد عمره عن 100 عام، ويكتسب أهميته لوقوعه في منتصف حي القلعة التاريخي ببلدة الحناكية، وكان يسمى مسجد حمد بن سميحة نسبة إلى أمير البلدة، وتبلغ مساحته قبل الترميم 181.75 م²، وسترتفع بعد التطوير إلى 263.55 م²، وستصل طاقته الاستيعابية 171 مصليا بعد أن كان غير مستخدم. ويبلغ مجموع المساجد التي ستخضع للتطوير في المرحلة الثانية من مشروع الأمير محمد بن سلمان لتطوير المساجد التاريخية 30 مسجدا، موزعة على جميع المناطق، وسيتم تطويرها وفق آليات حديثة تضمن تكامل سلامة المواد والتصاميم المعمارية بعد إجراء تقييم دقيق لتاريخ كل مسجد وخصائصه ومزاياه.