أوصت الهيئة العامة للغذاء والدواء بضرورة تخزين القهوة ومكوناتها من الهيل والقرنفل والزعفران والزنجبيل في حاوية أو وعاء محكم الإغلاق مصنوع من السيراميك أو معدن لا يصدأ، لتجنب أشعة الشمس، والتخزين في مكان جاف أو بالتجميد في "الفريزر" لتجنب نمو الفطريات، والتخلص من القهوة عند ملاحظة أي علامة على وجود العفن فيها. وقدمت "الغذاء والدواء" 5 نصائح عند تحضير القهوة السعودية لضمان سلامتها، وهي عدم استخدام الدلّة لأي شيء آخر، كوضع سائل آخر فيها لأن ذلك قد يعرض القهوة لخطر التلوث، والمحافظة على تنظيفها بشكل دوري حتى لا تتراكم الميكروبات أو يتشكل العفن. وشددت "الغذاء والدواء" بألا يتجاوز الاستهلاك اليومي للبالغين من القهوة السعودية 15 فنجانًا، وذلك وفقاً لمراجعات الأدلة العلمية من اللجنة الوطنية للتغذية بالهيئة، التي خَلصُت إلى أن فنجان القهوة السعودي يحتوي على 26 مليغرام من الكافيين وأن معدل الاستهلاك اليومي يجب ألا يتجاوز (400) مليغرام بما يعادل 15 فنجانًا. ونصحت "الهيئة" المرضى المصابين بأمراض القلب والشرايين إلى الحد من استهلاك المنتجات ذات المحتوى العالي من الكافيين وألا تتجاوز كميته في اليوم عن 200 مليغرام.