أودعت دارة الملك عبدالعزيز مجموعة من الوثائق التاريخية وعددها (500) وثيقة أصلية، ضمن إطار خدمة تاريخ الوطن، وتفاعل المواطنين مع منظومة جهود الدارة. وتتضمن الوثائق المودعة من قبل محمد بن حمد بن عبدالعزيز العيسى، مراسلات والده، مع الملك عبدالعزيز في إطار إدارته لشؤون المدينة، حيث كانت تعدّ ميناءً مهمًّا على البحر الأحمر وغرب آسيا، ووثائق عن مراسلاته الرسمية مع والملك سعود والملك فيصل، ومخاطباتٍ مع وزارة المالية ضمن اهتمامه بالتطوير المدني لمدينة ينبع وترقية خدمات مينائها. يذكر أن الدارة عقمت ورممت الوثائق، ووضعتها في جدولة التصنيف والفهرسة للوثائق المحلية، كما تزود ملاك الوثائق بنسختين ورقية وإلكترونية وتحفظها باسم المالك الأول.