ويكون للصندوق مجلس إدارة برئاسة الوزير المختص بشئون السياحة والآثار وعضوية كل من :   الأمين العام للمجلس الأعلى للآثار .   الرئيس التنفيذى للهيئة المصرية العامة للتنشيط السياحى .   رئيس الجهاز التنفيذى للهيئة العامة للتنمية السياحية .   رئيس مجلس إدارة الاتحاد المصرى للغرف السياحية .   ستة من ذوى الخبرة فى مجالات السياحة والآثار والاستثمار والاقتصاد والقانون، يصدر بتعيينهم ومعاملتهم المالية قرار من رئيس مجلس الوزراء، بناء على ترشيح من الوزير المختص بشئون السياحة والآثار لمدة ثلاث سنوات قابلة للتجديد لمرة واحدة.   جدير بالذكر أن القانون نص على أن يدمج كل من صندوق تمويل مشروع إنقاذ آثار النوبة المنشأ بموجب القانون رقم 8 لسنة 1964 بإنشاء صندوق لتمويل مشروع إنقاذ آثار النوبة وطريقة تمويله، وصندوق تمويل مشروعات الآثار والمتاحف المنشأ بموجب قرار رئيس الجمهورية رقم 1443 لسنة 1966، وصندوق السياحة المنشأ بموجب قرار رئيس الجمهورية رقم 392 لسنة 2005 فى صندوق واحد يسمى «صندوق دعم السياحة والآثار» المنشأ بموجب أحكام القانون المرافق.