ووفقا للقانون يكون للهيئة موازنة مستقلة تُعد على نمط موازنات الهيئات الاقتصادية، وتبدأ السنة المالية للهيئة مع السنة المالية للدولة وتنتهى بانتهائها، وتخضع حساباتها وأرصدتها وأموالها لرقابة الجهاز المركزى للمحاسبات وتودع جميع موارد الهيئة فى حساب خاص تحت حساب الخزانة الموحد بالبنك المركزى المصرى، ويُرحل فائض الموازنة من سنة إلى أخرى إلى الحساب الخاص، ويُصرف من الحساب بقرار من مجلس إدارة الهيئة.   كما يصدر بتعيين الرئيس التنفيذى للهيئة ونوابه وتحديد معاملتهم المالية قرار من رئيس الوزراء بناءً على عرض الوزير المختص، وذلك لمدة ثلاث سنوات قابلة للتجديد لمدة واحدة، ولا يجوز أن يزيد عدد من نواب رئيس الهيئة على خمسة نواب، وتٌحدد اختصاصات نواب الرئيس التنفيذى بقرار من الوزير المختص.