أكدت التحقيقات فى قضية اقتحام السجون المصرية إبان ثورة 25 يناير 2011 والمعروفة إعلاميا بقضية اقتحام "سجن وادي النطرون" وكذلك تحقيقات اختطاف ضباط الشرطة واحتجازهم بقطاع غزة والمتهم فيها 131 متهما يتقدمهم الرئيس المعزول محمد مرسي وقيادات جماعة الإخوان المسلمين والتنظيم الدولي للجماعة، وحركة حماس الفلسطينية وتنظيم حزب الله اللبناني عن اتفاق المتهمين في القضية (من قيادات جماعة الإخوان المسلمين والرئيس المعزول والجهاديين التكفيريين) مع هيئة المكتب السياسى لحركة حماس، وقيادات التنظيم الدولى الاخوانى، وحزب الله اللبنانى، على إحداث حالة من الفوضى لاسقاط الدولة المصرية ومؤسساتها، تنفيذا لمخططهم، وتدريب عناصر مسلحة من قبل الحرس الثورى الايرانى لارتكاب أعمال عدائية وعسكرية داخل البلاد، وضرب واقتحام السجون المصرية. وكشفت تحقيقات المستشار حسن سمير قاضي التحقيق المنتدب من محكمة استئناف القاهرة وأمر الإحالة أن المتهمين من الأول وحتى السادس، الواردة أسماؤهم في قرار الاتهام: ارتكبوا وآخر متوفى وآخرون مجهولون من حركة حماس وحزب الله ( يزيد عددهم على 800 شخص) وبعض الجهاديين التكفيريين من بدو سيناء - عمدا أفعالا تؤدى للمساس بإستقلال البلاد وسلامة أراضيها، تزامنا مع اندلاع تظاهرات 25 يناير 2011 . وأضاف أمر الإحالة أن المتهمين أطلقوا قذائف صاروخية من طراز ( آر.بي.جي ) وأعيرة نارية كثيفة فى جميع المناطق الحدودية من الجهة الشرقية مع قطاع غزة، وفجروا الأكمنة الحدودية وأحد خطوط الغاز، وتسلل حينذاك عبر الانفاق غير الشرعية المتهمون من الاول حتى الحادي والسبعين وآخرون مجهولون، الى داخل الاراضى المصرية، على هيئة مجموعات.