وكانت قوات الأمن الفلسطينية أوقفت الشوبكي وهو مسؤول رفيع المستوى في حركة فتح بزعامة رئيس السلطة الفلسطينية محمود عباس، في العام 2022 إبان الانتفاضة الشعبية الثانية (2000-2005) قبل أن ينتهي به الأمر في قبضة القوات الإسرائيلية. واتُّهم الشوبكي بمحاولة تهريب الأسلحة من إيران إلى قطاع غزة عن طريق سفينة الشحن "كارين ايه" التي اعترضها الجيش الإسرائيلي في كانون الثاني/يناير 2002. ولدى وصوله مساء الاثنين إلى رام الله، مقر السلطة الفلسطينية، توجّه إلى ضريح القائد التاريخي للقضية الفلسطينية ياسر عرفات الذي قضى في العام 2004 وكان من أقربائه. وقال الشوبكي واضعا الكوفية الفلسطينية على كتفيه "سوف نواصل على نفس الطريق التي رسمها ياسر عرفات وسوف نكمل المشوار مهما كلّف الثمن. أرواحنا رخيصة أمام وطننا، أمام شعبنا، وفاؤنا للشهداء، آلاف الشهداء الذين استشهدوا على الدرب". وتابع "أضع يدي بيد أخي ورئيسي أبو مازن -أطال الله عمره- و(بيد) جميع إخواني بالقيادة لنتابع طريق النضال من أجل أسرانا". وأحاط مسؤولون فلسطينيون بينهم محمود العالول، نائب رئيس حركة فتح، بالشوبكي، فيما ارتدى مؤيدون له قمصانا تحمل صورته، وفق مراسل وكالة فرانس برس. وكان الشوبكي قد خرج قبل ساعات من سجن عسقلان في جنوب إسرائيل، وفق ما أعلن متحدث باسم "نادي الأسير الفلسطيني"، الذي يعنى بالدفاع عن حقوق الفلسطينيين المعتقلين في إسرائيل. وكان الشوبكي أوقف في العام 2002 وحتى آذار/مارس 2006 في سجن أريحا، في منطقة الحكم الذاتي في وسط الضفة الغربية ووضع تحت إشراف مراقبين بريطانيين وأميركيين إلى أن انتهى به الأمر مع فلسطينيين آخرين في قبضة إسرائيل بعد عملية عسكرية للقوات الإسرائيلية استهدفت السجن في الضفة الغربية. واتّهمته إسرائيل بأنه أحد مستأجري سفينة الشحن "كارين ايه" التي تقول السلطات الإسرائيلية إنها كانت محمّلة 50 طنا من الأسلحة بينها صواريخ "كاتيوشا" وصواريخ مضادة للدروع ومتفجرات أرسلتها إيران وحزب الله اللبناني. وقضت محكمة عسكرية إسرائيلية بحبسه 20 عاما لإدانته بالتّهمة الموجهة إليه، إلا أن مدّة العقوبة خفّضت لاحقا إلى 17 عاما.