تعمل منظومة التكييف داخل المسجد النبوى بكفاءة عالية لضبط درجة التبريد بناءً على درجات الحرارة للمحافظة على درجة حرارة متوازنة، بالإضافة لتجديد الهواء داخل المسجد النبوى من خلال فتح وإغلاق القباب فى أوقات معينة، فعلى بعد سبعة كيلو مترات تقع المحطة المركزية لتكييف المسجد النبوى، التى تبلغ مساحتها 70 ألف متر مربع وتضم أكبر مكثف لتبريد الماء فى العالم، بحسب وكالة الأنباء السعودية. ويوجد فى المحطة 6 مبردات سعة المبرد الواحد منها 3400 طن، وتصل درجة تبريد الماء لخمس درجات مئوية وتستخدم أحدث الطرق والتقنيات لتوزيع المياه الواردة من المحطة بشكل دقيق ومتناسق وآلي لتصل إلى 151 وحدة لمعالجة الهواء وتوزيعه وتبريده، ويتم تبريد المسجد بالهواء المدفوع عن طريق الأنابيب المتصلة بأعمدة المسجد النبوى، ثم تستكمل دورة تبريد المياه بعودتها عن طريق أنابيب معزولة لتصل إلى المحطة المركزية لتكتمل عملية التبريد. كما تعمل مراوح الرذاذ فى ساحات المسجد النبوى على تلطيف الأجواء وتخفيف الحرارة على المصلين، حيث يوجد في الساحات 436 مروحة رذاذ، وتخضع شبكة مياه الرذاذ المركزية للتعقيم المستمر لضمان جودة المياه فيها وخلوها من البكتيريا والمحافظة على سلامة الزوار. وتعمل وكالة الرئاسة للتشغيل والصيانة من خلال إداراتها وكوادرها المتخصصة من المهندسين والفنيين من الكوادر الوطنية على صيانة منظومة التكييف ومتابعة كفاءة الأداء والتطوير الجميع الأنظمة والخدمات بصورة مستمرة وعلى مدار الساعة لضمان سلامتها واستمرار عملها بكفاءة عالية.