تزخر مكتبة المسجد النبوي بالعديد من المخطوطات التاريخية والكتب والمؤلفات النادرة، بالإضافة إلى أقسام جديدة للصوتيات والمرئيات تستخدم فيها المكتبة أفضل التقنيات الفنية المتاحة، ويعود تاريخ تأسيس مكتبة المسجد النبوي إلى عام 1352 هـ، باقتراح من مدير الأوقاف في المدينة المنورة ــ آنذاك ــ عبيد مدني، وكان أول مدير لها هو أحمد ياسين الخياري، وتقع المكتبة حاليا داخل المسجد النبوي الشريف، حيث يسمح لمن يرغب من زوار المسجد بالاستفادة من المكتبة والخدمات المقدمة فيها، حيث تحتوي المكتبة كذلك على بعض الكتب التي يعود تاريخ وقفها على المسجد النبوي إلى ما قبل تاريخ إنشاء المكتبة. وتضم المكتبة أقساما متعددة، ومنها قاعة المطالعة التي تشمل قاعات مطالعة للرجال وأخرى للنساء وثالثة للأطفال، وقسم المخطوطات الذي يقع بالدور الثاني من باب عثمان بن عفان ــ رضي الله عنه ــ وقسم المكتبة الصوتية الذي يقع بالباب رقم 17 ويعنى بحفظ ما يلقى في المسجد النبوي الشريف من الدروس والخطب والصلوات، كما تضم المكتبة القسم الفني الذي يقع بالباب رقم 22 و يعنى بتجليد وترميم وتعقيم المخطوطات، وتشتمل المكتبة أيضا على أقسام للفهرسة والتصنيف والتزويد والدوريات والمستودع وللكتب النادرة يعنى بحفظها من حيث قدم تاريخ الطبع أو الزخرفة والأشكال والصور، فضلا عن مكتبة رقمية تقع في الباب رقم 12 من المسجد النبوي الشريف، وأقسام أخرى للبحث والترجمة وللأمن والسلامة والإهداء المتبادل والإعارة.