اعتمد مجلس شؤون الجامعات اللائحة التنظيمية للجامعات والكليات الأهلية والتي تهدف إلى تنظيم شؤون التعليم العالي الأهلي لتحقيق مخرجات عالية الكفاءة، في إطار السياسة التعليمية للسعودية. وتتقدم الجهة التي ترغب في إنشاء مؤسسة التعليم العالي بطلب الإنشاء إلى الأمانة العامة ، و يكون لمؤسسة التعليم العالي مجلس أمناء يُكلَّف بقرار من الوزير لمدة ثلاث سنوات قابلة للتجديد. كما يجتمع مجلس أمناء مؤسسة التعليم العالي مرة كل أربعة أشهر على الأقل في العام الدراسي، وللرئيس أن يدعو المجلس للاجتماع إذا دعت الحاجة إلى ذلك، ولا تصح اجتماعات المجلس إلا بحضور ثلثي أعضائه على الأقل، على أن يكون من بينهم رئيس المجلس أو نائبه وممثل الأمانة العامة أو من ينوب عنه، وتصدر قراراته بأغلبية أصوات الأعضاء الحاضرين، وعند التساوي يرجح الجانب الذي صوَّت معه رئيس الاجتماع وفقا لـ"أم القرى". كما يكون للجامعة مجلس باسم «مجلس الجامعة» برئاسة رئيس الجامعة، ويكون لكل كلية مستقلة مجلس باسم «مجلس الكلية» برئاسة عميد الكلية المستقلة و يكون للجامعة رئيس يُكلَّف بقرار من رئيس مجلس الأمناء بعد موافقة الوزير على ترشيحه من مجلس الأمناء، ويحدد مجلس الأمناء راتبه ومزاياه المالية، ويكون تكليفه لمدة ثلاث سنوات قابلة للتجديد. يجوز لمؤسسة التعليم العالي الاستعانة بخدمات أعضاء هيئة التدريس من مؤسسات التعليم العالي الأخرى أو بالكفاءات المتميزة للتدريس أو العمل متفرغين أو غير متفرغين، مع مراعاة الأنظمة واللوائح والقرارات ذات الصلة. و لا يجوز لمؤسسة التعليم العالي أن توقف نشاطها أو نقل ملكيتها إلا بموافقة الوزير. عند تعثر مؤسسة التعليم العالي أكاديمياً أو إدارياً أو مالياً يكون لمجلس شؤون الجامعات الحق في اتخاذ جميع القرارات والتدابير اللازمة لضمان إكمال الطلبة لدراستهم.