فى إطار حرص القوات المسلحة على تطبيق أعلى معايير الجودة بمختلف المنشآت التعليمية العسكرية، حصلت كلية الطب بالقوات المسلحة على الاعتماد المؤسسى من الهيئة القومية لضمان جودة التعليم والإعتماد وذلك بعد إستيفائها كافة الشروط والمحددات اللازمة للحصول على ذلك الاعتماد ، وقد سبق هذا الاعتماد حصول الكلية على شهادة الاعتماد البرامجى وإعتماد جميع برامجها الدراسية فى المجالات الطبية المختلفة .