حددَّ قانون صندوق الوقف الخيري، تشكيل مجلس إدارة الصندوق، حيث نص القانون على أن يتولى إدارة الصندوق مجلس إدارة يشكل بقرار من رئيس مجلس الوزراء وبرئاسته، وعضـوية كل مـن:   1- وزير الأوقاف نائبًا لرئيس مجلس الإدارة وينوب عن الرئيس حال غيابه.   2- عضوين من الشخصيات ذات الخبرة الاقتصادية يختارهما رئيس مجلس الوزراء.   3- عضوين يرشحهما وزير الأوقاف علي أن يكون أحدهما من داخل الوزارة.   4- أحد أعضاء الجهات أو الهيئات القضائية يرشحه وزير العدل بموافقة المجلس المختص للجهة أو الهيئة. 5- عضو في مجال إدارة المحافظ المـالية يرشحه رئيس الهيئة العامة للرقابة المـالية.   6- ممثل عن وزارة المـالية يرشحه وزير المـالية. وتكون مدة عضوية مجلس إدارة الصندوق أربع سنوات قابلة للتجديد لمرة واحدة.     اختصاصات مجلس إدارة صندوق الوقف الخيري   ونص القانون على أن مجلس إدارة الصندوق هو السُلطة المسئولة عن إدارة شئونه، ويباشر اختصاصاته على النحو الذي يحقق أهداف الصندوق وأغراضه، وله على الأخص: 1- وضع السياسة العامة لإدارة أموال الصندوق واستثمارها لتحقيق أعلى عائد ممكن على الأسس الشرعية والاقتصادية السليمة.   2 - اعتماد الهيكل التنظيمي للصندوق، وجداول الوظائف به.   3 - إصدار اللوائح المـالية والإدارية ولوائح شئون العاملين والتعاقدات والمشتريات وغيرها من النظـم الداخليــة المتعلقــة بالصنـدوق، وذلك دون التقيد بالقوانين أو اللوائـح أو القرارات المعمول بها في الجهاز الإداري للدولة أو أي جهة أخرى.   4 - الموافقة على مشروع موازنة الصندوق وحسابه الختامي.   5 - النظر في التقارير الدورية التي تقدم عن سير العمل في الصندوق ومركزه المـالي واتخاذ ما يراه بشأنها.   6 - النظر في كل ما يرى عرضه رئيس المجلس أو نائبه من المسائل التي تتعلق بنشـاط الصنـدوق.   7 - اتخاذ ما يراه المجلس مناسبًا من قرارات لتحقيق أهداف الصندوق وأغراضه.