يحتل مسجد القبلتين منزلة ثالثة في نفوس زوار طيبة الطيبة وذلك بعد المسجد النبوي ومسجد قباء، فالمكانة التي اكتسبها في نفوس الزائرين ترجع إلى القصة التي شهدها هذا المسجد بعد تحول القبلة من بيت المقدس إلى الكعبة المشرفة. وجاء في الأثر أن رسول الله صلى الله عليه وسلم بعد أن أتم ركعتين نزل عليه الوحي بالتحول إلى الكعبة المشرفة في الآية الكريمة (قد نرى تقلب وجهك في السماء فلنولينك قبلة ترضاها فول وجهك شطر المسجد الحرام وحيث ما كنتم فولوا وجوهكم شطره). ويبعد مسجد القبلتين عن المسجد النبوي نحو أربعة كيلومترات، وقد بني من اللبن والسعف وجذوع النخيل، وتعاقبت عليه أعمال الترميم والتوسعة والتجديد حتى صدرت في العهد السعودي الأوامر بهدم المسجد وإعادة بنائه وتخطيط منطقته وتوسعته وفق أحدث التقنيات والتصاميم. ويتوافد زوار المدينة على مسجد القبلتين للصلاة فيه واستذكار الحدث المهم في التاريخ الإسلامي. وتبلغ مساحة المسجد 3920 مترا مربعا تعلوه قبتان قطر الأولى 8 أمتار والثانية 7 أمتار وارتفاع كل منهما 17 مترا. وقد شمل المسجد عدة تجديدات كما في عهد الخليفة عمر بن عبدالعزيز، كما قام الشجاعي شاهين الجمالي بتعميره وتجديد سقفه، وقام السلطان سليمان القانوني بتجديد المسجد، وفي عام 1408 وسع في عهد خادم الحرمين الشريفين الملك فهد بن عبدالعزيز آل سعود ــ طيب الله ثراه ــ وفي عام 1426هـ جدد مصلى النساء.