يعتقد معظم الناس أن الكافيين الموجود في القهوة يحفز حركة الأمعاء، ما يدفع الأشخاص إلى دخول الحمام مباشرة بعد شرب القهوة. لكن القهوة منزوعة الكافيين يمكن أن تحفز حركات الأمعاء أيضا. تعد القهوة مشروبا معقدا يحتوي على أكثر من 1000 مركب كيميائي، العديد منها له خصائص مضادة للأكسدة وللالتهابات. إلا أن تحديد كيفية تأثيرها على الأمعاء أمر صعب. عندما يدخل الكافيين إلى الجسم، يحرك العضلات المعوية، وبالتالي تتحرك محتويات الأمعاء من خلال الجهاز الهضمي. كما تقدم سخونة القهوة مساعدة إضافية في حركة الجهاز الهضمي، لذلك تعد السوائل الدافئة عموما وسيلة لتحفيز كامل الجهاز الهضمي. وقد تساهم التأثيرات الهضمية العامة للقهوة والحليب، والوقت الذي تشربها فيه، في التأثير المليّن. وتقول جيل دويتش، مديرة برنامج اضطرابات الجهاز الهضمي الوظيفية في جامعة ييل: الأمر يتعلق بالقهوة ككل، وليس الكافيين بمفرده. يبدو أن التركيبة الشاملة للقهوة هي التي تساعدنا على التبرز. ولا توجد كمية محددة من القهوة يمكنها تحفيز حركة الأمعاء، لأن الأمر يختلف من شخص لآخر. وتقول دويتش: لا يحصل الجميع على الفوائد الملينة نفسها من شرب القهوة. وفي الواقع، لا يتأثر بعض الأشخاص على الإطلاق بشرب القهوة. وقال الدكتور روبرت مارتنديل، أستاذ الجراحة والمدير الطبي لخدمات التغذية في المستشفيات بجامعة أوريغون للصحة والعلوم، إن شرب فنجان من القهوة يمكن أن يحفز الجهاز الهضمي في غضون دقائق، ما يعني أن وصول القهوة إلى المعدة يرسل رسالة إلى الدماغ، الذي ذلك يحفز القولون والحاجة إلى التبرز، وافترض الخبراء أن رسائل القهوة إلى الدماغ قد تكون ناجمة عن واحد أو أكثر من المواد الكيميائية العديدة الموجودة في القهوة، وربما تتوسطها بعض الهرمونات الخاصة بنا التي تلعب أدوارا مهمة في عملية الهضم، مثل الغاسترين أو الكوليسيستوكينين (كلاهما يمكن أن يرتفع مستواه بعد شرب القهوة). وفي حين أن الآلية لا تزال غامضة، فإن تأثيرات القهوة على الأمعاء قد تكون مفيدة لبعض الأشخاص، بما في ذلك أولئك الذين يتعافون من أنواع معينة من الجراحة. وإذا كان الأمر مناسبا لك، فقد يكون من الصحي شرب القهوة كمليّن، كما تقول دويتش.  وتقول إدارة الغذاء والدواء الأمريكية إنه من الآمن بالنسبة لمعظم الناس شرب 400 ملغ من الكافيين (الكمية الموجودة في حوالي 4 أو 5 فناجين من القهوة) يوميا. لكن هذه العتبة قد تختلف من شخص لآخر، وينبغي الحذر واستشارة الطبيب عند الضرورة.