وقد أثارت الاتفاقات التي ورد أنها تستبعد عقوبة الإعدام، غضب بعض أقارب ضحايا الهجمات، وقال أوستن إنهم والجمهور الأميركي يستحقون رؤية المتهمين يقفون أمام المحكمة. وقال المسؤول الأميركي لوكالة فرانس برس طالبا عدم الكشف عن اسمه "يمكنني أن أؤكد أن القاضي العسكري حكم بأن اتفاقات ما قبل المحاكمة للمتهمين الثلاثة صالحة وقابلة للتنفيذ". ويمكن للنيابة العامة استئناف القرار الصادر الأربعاء، لكن لم يتضح على الفور ما إذا كانت ستفعل ذلك. من جهته، قال المتحدث باسم البنتاغون بات رايدر في بيان "نحن نراجع القرار وليس لدينا أي شيء آخر في الوقت الحالي". تم الإعلان عن اتفاقات الإقرار بالذنب مع شيخ محمد واثنين من المتهمين بالتواطؤ، وهما وليد بن عطاش ومصطفى الهوساوي، في أواخر تموز/يوليو. وبدا أن الخطوة تحرك القضايا التي طال أمدها نحو الحل بعد سنوات من التعثر في إجراءات ما قبل المحاكمة بينما ظل المتهمون محتجزين في قاعدة خليج غوانتانامو العسكرية في كوبا. لكن أوستن ألغى الاتفاقات بعد يومين من الإعلان عنها، قائلا إن القرار يجب أن يعود إليه نظرا لحساسيتها. وقال في وقت لاحق للصحافيين إن "أسر الضحايا وعناصرنا والجمهور الأميركي يستحقون فرصة رؤية محاكمات عسكرية في هذه القضية". سجن "الحرب على الإرهاب" ركز جزء كبير من الصراع القانوني المحيط بهذه القضايا على ما إذا كان من الممكن محاكمة المتهمين بشكل عادل بعد تعرضهم للتعذيب المنهجي على أيدي وكالة الاستخبارات المركزية (سي آي إيه) في السنوات التي أعقبت هجمات 11 أيلول/سبتمبر، وتتيح اتفاقات الإقرار بالذنب عدم إجراء المحاكمة. كان خالد شيخ محمد يعتبر من أقرب مساعدي زعيم تنظيم القاعدة الراحل أسامة بن لادن ومن أكثرهم ذكاء قبل القبض عليه في باكستان في آذار/مارس 2003. وقد أمضى ثلاث سنوات في سجون سرية تابعة لوكالة الاستخبارات المركزية الأميركية قبل نقله إلى غوانتانامو عام 2006. وقال هذا المهندس إنه "العقل المدبر" لهجمات 11 أيلول/سبتمبر "من الألف إلى الياء"، وأنه ضالع في سلسلة من المؤامرات الكبرى ضد الولايات المتحدة حيث تلقى تعليما جامعيا. أما بن عطاش، وهو سعودي من أصل يمني، فاتهم بتدريب اثنين من الخاطفين الذين نفذوا هجمات 11 أيلول/سبتمبر، وقال محققوه الأميركيون أيضا إنه اعترف بشراء المتفجرات وتجنيد أعضاء الفريق الذي نفذ الهجوم على المدمرة الأميركية "يو إس إس كول" عام 2000 وأدى إلى مقتل 17 عنصرا من البحرية الأميركية. بعد الغزو الأميركي لأفغانستان عام 2001، لجأ إلى باكستان المجاورة وأوقف هناك عام 2003. ثم تم احتجازه في شبكة من السجون السرية لوكالة الاستخبارات المركزية الأميركية. ويُشتبه في أن هوساوي أدار تمويل هجمات 11 أيلول/سبتمبر. وقد أوقف في باكستان في الأول من آذار/مارس 2003، كما احتُجز في سجون سرية قبل نقله إلى غوانتانامو عام 2006. استخدمت الولايات المتحدة معتقل غوانتانامو، وهو قاعدة بحرية معزولة، لاحتجاز الأشخاص الذين أوقفتهم خلال "الحرب على الإرهاب" التي أعقبت هجمات 11 أيلول/سبتمبر في محاولة لحرمانهم من الحقوق التي يضمنها القانون الأميركي. وكان المعتقل يضم نحو 800 سجين في ذروته، قبل البدء في نقلهم ببطء إلى بلدان أخرى. تعهد الرئيس جو بايدن قبل انتخابه بمحاولة إغلاق معتقل غوانتانامو، لكنه لا يزال مفتوحا.