دعا زعيم تنظيم القاعدة أيمن الظواهري في رسالة صوتية نشرت على الإنترنت الى وقف القتال بين "إخوة الجهاد والإسلام" في سورية، وذلك بعد احتدام القتال بين الفصائل المعارضة. ووجه الظواهري في رسالته التي تتزامن مع انطلاق جنيف 2 نداءً الى كل المجموعات الجهادية. وكل حر في الشام يسعى لاسقاط حكم الاسد، وقال "ندعوهم جميعا لأن يسعوا الى ايقاف القتال بين اخوة الجهاد والاسلام فورا". ودعا الظواهري هذه الفصائل الى ايقاف هذه الفتنة معتبرا ان اخوة الاسلام التي بيننا هي اقوى من كل الروابط التنظيمية الزائلة والمتحولة مشددا وحدة صفكم فوق الانتماء التنظيمي والعصبية الحزبية. كما قال زعيم تنظيم القاعدة انه يمكن ان "يضحى بهذه الروابط.. اذا تعارضت من تآلفكم ووحدتكم واصطفافكم في صف واحد.. لمواجهة عدوكم العلماني الطائفي الذي تدعمه القوى الرافضية الصفوية وروسيا والصين وتتواطأ معه القوى الصليبية". وخلص الى القول نعتبر التنظيمات الجهادية، هم اخواننا الذين لا نقبل ان يوصفوا بالردة والكفر". ودارت معارك عنيفة منذ مطلع الشهر بين تشكيلات من المقاتلين المعارضين وعناصر الدولة الاسلامية في العراق والشام المرتبطة بالقاعدة في مناطق واسعة من شمال سورية. وشاركت جبهة النصرة التي سبق ان اعتبرها الظواهري ممثل تنظيم القاعدة في سورية، الى جانب مقاتلي المعارضة المؤلفين من "الجبهة الاسلامية" و"جيش المجاهدين" و"جبهة ثوار سورية" في بعض هذه المعارك ضد تنظيم الدولة الاسلامية، في حين تبقى على الحياد في مناطق اخرى.