بدأ الزمالك مشواره في المجموعة الثانية من دوري أبطال إفريقيا بالفوز على مضيفه إنيمبا النيجيري بهدف باسم مرسي اليوم الأحد، لكن منذ متى لم يحقق الفارس الأبيض الفوز في مباراته الافتتاحية في هذه المرحلة؟ لم يحقق الزمالك الفوز في مباراته الافتتاحية في مجموعات دوري الأبطال منذ 14 عاما، وبالتحديد من نسخة 2002 التي شهدت أخر تتويج للفريق الأبيض. دوري أبطال 2002 افتتح الزمالك مشواره في المجموعة الثانية بالفوز على أسيك أبيدجان في كوت ديفوار 3-1، وواصل مشواره ليتأهل إلى نصف النهائي في صدارة المجموعة. وفي نصف النهائي، تعادل الزمالك مع مضيفه مازيمبي في الكونجو 1-1 ثم فاز 2-0 في مباراة الإياب. وتوج الزمالك باللقب بعد الفوز على الرجاء المغربي 1-0 في مباراتي الذهاب والإياب بهدف تامر عبد الحميد الشهير، وهو التتيوج الأخير للفريق الأبيض بدوري الأبطال. دوري أبطال 2005 ظهر الزمالك في مرحلة المجموعات من دوري أبطال 2005 بعد أن غاب عن هذه المرحلة في نسختي 2003 و2004. بدأ الزمالك مشواره في المجموعة الثانية بالتعادل في كوت ديفوار مع أسيك أبيدجان 1-1، ونجح في مواصلة مشواره نحو نصف النهائي ضمن المجموعة التي ضمت أيضا الترجي والنجم الساحلي التونسيين. وفي نصف النهائي، اصطدم الزمالك بغريمه الأهلي ونجح الفريق الأحمر في الوصول للنهائي بعد الفوز 4-1 في مجموع مباراتي الذهاب والإياب. دوري أبطال 2008 غاب الزمالك عن المشاركة في نسخة 2006 وفشل في التأهل لمرحلة المجموعات في 2007 قبل أن يظهر من جديد في مجموعات 2008. وهذه المرة وقع مع الأهلي في مجموعة واحدة ضمت أيضا أسيك أبيدجان وديناموز هيراري الزيمبابوي. خسر الزمالك مباراته الأولى من الأهلي 2-1، ولم يحقق إلا فوز وحيد كان على حساب ديناموز بهدف عمرو الصفتي في القاهرة ليودع البطولة. دوري أبطال 2012 من جديد، غاب الزمالك عن المشاركة في نسختي 2009-2010 ولم يتجاوز دور الـ32 في نسخة 2011. عاد الزمالك للظهور في مرحلة المجموعات في بطولة 2012 وأوقعته القرعة مع الأهلي ومازيمبي وبيركيوم تشيلسي. بدأ الفريق الأبيض مشواره بالخسارة من تشيلسي في غانا 3-2 وودع البطولة دون تحقيق أي فوز. دوري أبطال 2013 أوقعت القرعة الزمالك مرة أخرى مع الأهلي في مجموعة واحدة، ومعهما أورلاندو بايرتس وليوبار. بدأ الزمالك مشواره بالتعادل مع الأهلي في الجونة 1-1، ولكنه فشل في التأهل لنصف النهائي محتلا المركز الثالث في مجموعته برصيد 7 نقاط. دوري أبطال 2014 لم يقع الزمالك في مجموعة واحدة مع الأهلي هذه المرة، ولكنه فشل في التأهل لنصف النهائي أيضا. أوقعت القرعة الزمالك في مجموعة تضم مازيمبي وفيتا كلوب والهلال السوداني. لكنه الفريق الذي بدأ البطولة تحت قيادة أحمد حسام "ميدو" خسر من فيتا كلوب في اول مبارياته في مرحلة المجموعات 1-0 في الكونجو. وودع الزمالك البطولة تحت قيادة حسام حسن محتلا المركز الرابع في المجموعة برصيد 4 نقاط. ولم يشارك الزمالك في نسخة 2015.