قرار البريطانيين بالمغادرة شكل صفعة للاتحاد الأوروبي. في وهلة الصدمة، أكد الاتحاد تصميمه الحفاظَ على وحدة أعضائه السبع والعشرين. رئيس المفوضية جان كلود يونكر دعا إلى تسريع إجراءات خروج المملكة المتحدة : إني حزين لهذا القرار، لكن بالطبع علينا احترامه. نتوقع أن تفعل حكومة المملكة المتحدة قرار الشعب البريطاني بأسرع وقت ممكن، مهما كانت هذه العملية مؤلمة. أي تأخير سيطيل حالة عدم اليقين. لن يكون هناك مجال لإعادة التفاوض. .JunckerEU The British people have expressed their wish to leave. We regret this decision but respect it #EURef pic.twitter.com/zAMN7LCKQw

— European Commission (EU_Commission) 24 juin 2016 يورونيوز سألت غونتر وتنغر، المفوض الأوروبي للاقتصاد الرقمي والمجتمع، لماذا لم تفعل المفوضية الأوروبية المزيد من الجهد لدعم حملة البقاء؟ فكانت إجابته: لقد كان أمراً واضحاً من كاميرون، بأن على المفوضية عدم الدخول في اللعبة. وأضاف عند سؤاله إن كان هذا خطأ من كاميرون : نعم أعتقد ذلك، مافعله لم يكن مقبولاً فمن المحتمل أن تغادر اسكتلندا المملكة المتحدة. ما قام به كاميرون ونظيره جونسون أضرّ بالمملكة المتحدة كلل، لمدة سنتين إلى خمس سنوات مقبلة.