يرتبط العلاج بالمضادات الحيوية خلال السنة الأولى من عمر الطفل بزيادة خطر إصابة المواليد بحساسية الطعام، رغم أنه قد يقضي على الإصابة بالعدوى، إذ إن المضادات غالبا ما توصف بشكل غير صحيح لعلاج الالتهابات الفيروسية، ما يؤثر سلبا على صحة الأطفال. وأجرى فريق من الباحثين بكلية الصيدلة في جامعة ولاية كارولينا الجنوبية دراسته على 1504 من الأطفال المصابين بحساسية الغذاء، بالإضافة إلى 5995 طفلاً لم يصابوا بحساسية الغذاء، في الفترة بين عامي 2007 و2009. وأثبتت الدراسة أن الأطفال الذين وُصفت لهم مضادات حيوية خلال السنة الأولى من عمرهم، كانوا أكثر عرضة للإصابة بحساسية الطعام، بالمقارنة مع الذين لم تُوصف لهم المضادات الحيوية، وظهر أنه كلما زاد عدد مرات تناول المضادات ارتفعت فرص الإصابة بالحساسية. كما وجد الباحثون أيضًا أن الإصابة بحساسية الغذاء كانت مرتفعة بين الأطفال الذين تلقوا مضادات حيوية مثل السيفالوسبورين والسلفوناميد، وكانت أقل حدة بين من تلقوا مضادات مثل البنسلين والماكروليدات.