قال ديوان الرقابة المالية والإدارية إنه على الرغم من مرور ما يقارب خمس سنوات على نقل تبعية معهد البحرين للتدريب إلى وزارة التربية والتعليم إلا أنه لم يتم الانتهاء من استكمال الهيكل التنظيمي للمعهد وتسكين موظفيه البالغ 351 موظفا على جداول الخدمة المدنية، الأمر الذي يؤدي إلى عدم وضوح المسار الوظيفي لكل موظف وعدم حصول الموظفين على مزايا وظائفهم كالترقيات وغيرها، مما قد يؤدي إلى خسارة المعهد للكفاءات والكوادر التعليمية والإدارية لأداء مهامه. وأشارت وزارة التربية والتعليم إلى أنه تم بالفعل تسكين الموظفين على التنظيمات التي اعتمدها ديوان الخدمة المدنية وهي مكتب مدير عام المعهد وإدارة شؤون المتدربين، أما بالنسبة لإدارتي شؤون التدريب للهندسة والعلوم وإدارة شؤون التدريب لإدارة الأعمال والفنون فإنه بمجرد اعتماد الهيكل التنظيمي للإدارتين من ديوان الخدمة المدنية سيتم التسكين على الفور.