في ضوء الزيارة التفقدية الدورية التي قام بها فريق المتابعة من وزارة التربية والتعليم إلى مدرسة المعارف الحديثة الخاصة، تبين للفريق ارتكاب المدرسة مخالفتين: الأولى تتمثل في توظيف أحد المعلمين الأجانب دون استكمال إجراءات الموافقة على توظيفه من إدارة التعليم الخاص وفقاً لمقتضيات المرسوم بقانون (25) لسنة 1998 بشأن المؤسسات التعليمية والتدريبية الخاصة، والمخالفة الثانية تتمثل في توزيع أوراق من خارج الكتاب المدرسي على طلبة الصف الحادي عشر متضمنةً عدداً من الفقرات التي تتعارض مع سياسة مملكة البحرين وتوجهاتها ومع قانون التعليم والمرسوم بقانون رقم (25) لسنة 1998م بشأن المؤسسات التعليمية والتدريبية الخاصة. وفي ضوء ذلك، قامت الوزارة باستدعاء مدير المدرسة وعدد من المسئولين بها، وبعد التحقيق معهم تأكد وجود المخالفتين، وعليه قامت الوزارة بتوجيه إنذار نهائي للمدرسة بإزالة المخالفتين فوراً، وتعليق مزاولة المعلم لعمله إلى حين استكمال إجراءات الموافقة على توظيفه. هذا وقد قامت الجهة المختصة بالوزارة باستدعاء مدير المدرسة وتسليمه الإنذار النهائي، وتوقيعه على تعهد بإزالة المخالفتين وعدم العودة لارتكابهما مجدداً، أما الاستمرار في مخالفة القانون فسوف يؤدي إلى اضطرار الوزارة لتطبيق ما جاء في المادة (28) من المرسوم بقانون (25) لسنة 1998م بشأن المؤسسات التعليمية والتدريبية الخاصة في فقرتها الثانية، والتي تنص على أنه "إذا استمرت المؤسسة في مخالفتها أو عادت إلى ارتكاب ذات المخالفة مرة ثانية، يصدر الوزير قراراً بوضع المؤسسة تحت إشراف الوزارة".