قال عدد من المواطنين إن مسجد الشمالي بمنطقة مدينة عيسى، تضرر بفعل مياه الأمطار التي هطلت بغزارة، يوم الأحد (27 نوفمبر/ تشرين الثاني 2016) على البحرين، في الوقت الذي باشرت فيه إدارة الأوقاف الجعفرية إجراءاتها للكشف على المسجد ورفع التقارير لاتخاذ ما يلزم بهذا الشأن. من جهتهم، أشار الأهالي إلى أن المسجد يعد من أقدم المساجد بمنطقة مدينة عيسى، غير أن جدرانه أصبحت تتهاوى بين الحين والآخر، وزاد تفاقم المشكلة سقوط الأمطار الغزيرة على البحرين في اليومين الماضيين، مطالبين إدارة الأوقاف الجعفرية بهدم المسجد وإعادة بنائه من جديد. إلى ذلك، صرحت الأوقاف الجعفرية بأن المسجد الشمالي قديم ولا يوجد له وقف خاص به، وتسعى الإدارة إلى إدراجه ضمن مشاريع بناء المساجد بالتنسيق مع وزارة العدل والشئون الإسلامية والأوقاف، مؤكدة أنها قامت بإرسال فريق الصيانة إلى المسجد للوقوف حول الأضرار التي لحقت به ورفع التقرير مباشرة للإدارة للتوجيه بالصيانة الفورية. كما بينت الإدارة أنها قامت بإدراج المسجد ضمن مبادرة وزارة المالية لبعض المساجد التي سيتم العمل على تركيب عازل مائي فيها.