كشفت وزارة الداخلية المصرية في بيان لها يوم الإثنين (12 ديسمبر/ كانون الأول 2016) ان التفجير الذي استهدف الكنيسة البطرسية الملاصقة للكاتدرائية المرقسية بالقاهرة جاء بتكليف من قيادات اخوانية في قطر. وقالت الوزارة في بيانها الذي نشرته في موقعها الالكتروني الرسمي ان قطاع الأمن الوطنى توصل لمعلومات حول إعتناق المدعو "مهاب مصطفى السيد قاسم" حركى "الدكتور" ( طبيب ويقيم في شارع محمد زهران بالزيتون وسفره الى قطر خلال عام 2015 وارتباطه الوطيد هناك ببعض قيادات جماعة الإخوان الإرهابية الهاربة الذين تمكنوا من احتوائه وإقناعه بالعمل بمخططاتهم الإرهابية وإعادة دفعه للبلاد لتنفيذ عمليات إرهابية بدعم مالى ولوجيستى كامل من الجماعة، في إطار زعزعة إستقرار البلاد وإثارة الفتن وشق الصف الوطنى". واضاف البيان ان المدعو مهاب مصطفي السيد واصل تواصله مع قيادات الجماعة الإرهابية بقطر وتكليفه عقب مقتل القيادى الإخوانى محمد محمد كمال - بالبدء في الإعداد والتخطيط لعمليات إرهابية تستهدف الأقباط بهدف إثارة أزمة طائفية واسعة خلال الفترة المُقبلة دون الإعلان عن صلة الجماعة بها. وتابع " عقب عودته للبلاد اضطلع وفق التكليفات الصادرة إليه بالتردد على محاظفة شمال سيناء وتواصله مع بعض الكوادر الإرهابية الهاربة، هناك حيث قاموا بتنظيم دورات تدريبية له على استخدام السلاح وتصنيع العبوات التفجيرية لفترة أعقبها عودته لمحل إقامته". وذكر البيان ان تحليل تلك المعلومات وتطابقها مع نتائج فحص المعمل الجنائى لمسرح الجريمة وأشلاء جثث الضحايا، وأسفرت عن الاشتباه في أحدها وهو المتهم الهارب "محمود شفيق محمد مصطفى" حركي "أبو دجانة الكناني"، بالتورط في تنفيذ حادث الكنيسة من خلال عمل انتحاري باستخدامه حزام ناسف واسفرت نتائج المضاهاة للبصمة الوراثية لأسرة المذكور DNA " مع الأشلاء المشتبه فيها والمعثور عليها بمكان الحادث عن تطابقها. وتم ا استهداف الوكر المشار إليه وأسفرت النتائج عن ضبط 2 حزام ناسف معد للتفجير وكمية من الأدوات والمواد المستخدمة في تصنيع العبوات المتفجرة، كما تم ضبط اربعة عناصر ساعدوا الانتحاري في تنفيذ الهجوم ولم تعلن اية جهة المسؤولية عن التفجير. كان الرئيس المصري عبد الفتاح السيسي قد كشف خلال مراسم تشييع جنازة ضحايا التفجير في وقت سابق اليوم الاثنين عن ان انتحاريا يدعى محمود شفيق محمد مصطفى22/ عاما/ هو الذي نفذ تفجير الكنيسة البطرسية. يذكر ان التفجير قد أسفر عن مقتل 25 شخصا واصابة أكثر من 45 اخرين.