لما كان الأصل براءة المتهم وعدم تقييد حريته، فإن نظام الإجراءات الجزائية عنى بمسألة توقيف المتهم أثناء مرحلتي التوقيف والمحاكمة. ولم يترك النظام العنان للجهات المختصة في القبض على المتهم، وإنما نصت المادة «2» من النظام على عدم جواز القبض على المتهم أو تفتيشه أو توقيفه أو سجنه إلا في الأحوال المنصوص عليها نظاماً «بناء على أمر صادر من الجهة المختصة- هيئة تحقيق أو محكمة». ويقول المحامي يعقوب المطير إن التوقيف أو السجن يكون في الأماكن المخصصة ولمدد محددة من قبل الجهات المختصة، ولكن النظام استثنى من ذلك حالة كان المتهم متلبساً بالجريمة فيجوز القبض عليه بدون أمر من الجهات المختصة، ومرد ذلك خوف المشرع من فرار المتهم المتلبس بالجرم أو ضياع الأدلة، ولم يكتف المشرع بذلك وانما نظم معاملة المقبوض عليه حيث حظر إيذاءه جسدياً أو معنوياً او تعذيبه او إهانة كرامته، وحماية لحقوق المقبوض عليه أناط المشرع بالمختصين من أعضاء هيئة التحقيق والادعاء العام زيارة اماكن التوقيف حتى خارج أوقات الدوام الرسمي؛ للتأكد من عدم وجود موقوفين بصفة غير شرعية، وللاستماع لشكوى الموقوفين،وإذا قدم الموقوف شكوى يعطى ما يثبت تقديمه لتلك الشكوى، وإذا تبين لعضو الهيئة وجود موقوف بصفة غير شرعية فيجب على العضو ان يجري تحقيقا ويأمر بالإفراج عن الموقوف، كما اوجب المشرع على المحقق استجواب المقبوض عليهم فوراً خلال 24 ساعة، واذا مضت تلك المدة دون استجواب يتوجب على مدير التوقيف إبلاغ رئيس الدائرة التى يتبعها المحقق، واذا تم ذلك الإبلاغ فعلى الدائرة استجواب المتهم حالاً أو تأمر بإخلاء سبيله. ونص النظام على أحقية المتهم بالاستعانة بمحام أو وكيل وذلك فقط لحضور التحقيق.