هناك بعض الأسباب التي تقف وراء عسر الهضم، وتتمثل في: 1 – عادات الأكل غير الصحية: العادات الغذائية الخاطئة هي أخطر ما يسبب عسر الهضم، وقد تكون عاداتك غير الصحية في الغذاء هي السبب الأساسي وراء الإصابة بعسر الهضم المزمن، ومن أبرز هذه العادات وأكثر ضررآ لمعدتك هي الإفراط في تناول الطعام، بالإضافة إلى الإفراط في تناول الأطعمة الغازية والأطعمة التي تحتوي على نسبة كبيرة من الدهون، كما أن تناول الأطعمة التي تحتوي على العديد من البهارات والتوابل يسبب عسر الهضم، أو النوم مباشرة بعد تناول أي طعام وخاصة الأطعمة الدسمة، وغيرها من العادات الخاطئة التي تضر بالمعدة. 2 – عادات صحية ضارة: إن إتباعك لبعض العادات الصحية الضارة لا يقل تأثيرآ على المعدة من العادات الغذائية الضارة، حيث أن عادة خطيرة مثل التدخين تسبب عسر الهضم، كما أن الأشخاص الذين يتناولون الكحوليات بشكل مفرط يعرضون المعدة للعديد من الأضرار، وبعض التأثيرات الجانبية لأدوية معينة تسبب الإصابة بعسر الهضم، وبشكل خاص الادوية المضادة للإلتهاب، وبعض المسكنات مثل الأسبرين، والإبروفين، لذلك لا يجب أن تؤخذ هذه الادوية دون الرجوع للطبيب، كما أن الجرعات يجب أن يحددها الطبيب أيضآ. 3 – أمراض الجهاز الهضمي: إن امراض الجهاز الهضمي والمعدة هي أكثر ما يسبب عسر الهضم، حيث تلعب بعض أمراض الجهاز الهضمي دورا في التأثير على عمل المعدة وقدرتها على الهضم، فتصاب المعدة بالكسل، ويتعرض المريض لعسر الهضم، ومن أبرز هذه الامراض، إرتجاع الحمض، وقرحة المعدة، وشذوذ البنكرياس، وسرطان البنكرياس، وقرحة المريء، وغيرها من أمراض المعدة المؤلمة.