عبر تاريخه في دوري أبطال إفريقيا، فاز الزمالك ذهابا في 5 مناسبات بفارق 3 أهداف، قبل فوزه على إينوجو رينجرز 4-1 في ذهاب دور الـ32 للبطولة التي توج الأبيض بلقبها 5 مرات من قبل. ولكن، لم يحقق الزمالك لقب البطولة عند الفوز بثلاثية في مباراة ذهاب سوى في مناسبة وحيدة. تلك المرة كانت في 1984، عندما فاز الزمالك ذهابا في دور الـ32 3-0 على الصفاقسي التونسي، بأهداف المدرب الحالي محمد حلمي، وطارق يحيى، وعادل عبد الواحد، في استاد القاهرة. وفي تونس، تعادل الزمالك 1-1 وسجل هدفه طارق يحيى، قبل أن يسير في طريقه بنجاح ويتوج باللقب الإفريقي. في نسخة 1997، فاز الزمالك على موفوليرا واندررز الزامبي 5-2 في ذهاب دور الـ16، بأهداف خالد الغندور وسامي الشيشيني وأيمن منصور وأحمد الكاس وطارق مصطفى. وفي الإياب، فاز الزمالك بهدف وحيد لأيمن الكاس لكن الفريق ودع البطولة من دور الثمانية الذي أقيم بدور المجموعات حينها. المناسبة الثالثة كانت في 2003 عندما فاز الزمالك في دور الـ32 على السكر الكيني 3-0 بأهداف عبد الحليم علي وحازم إمام وحسام حسن، قبل أن يفوز إيابا 4-1 خارج الديار بأهداف عبد الحليم علي وجمال حمزة وحازم إمام وطارق السعيد. الزمالك خرج في دور الـ16 أمام سيمبا التنزاني في تلك النسخة. أما في 2007، ففاز الزمالك في ذهاب دور الـ32 4-1 على فيتالو البوروندي بأهداف عمرو زكي وحازم إمام وطارق السيد ومصطفى جعفر، قبل الفوز إيابا 1-0 بهدف لحازم إمام. الزمالك خرج في تلك النسخة من دور الـ16 أمام الهلال السوداني. المرة الأخيرة التي فاز فيها الزمالك بفارق 3 أهداف ذهابا، كان على إنتركلوب الأنجولي في 2008، وبالتحديد في ذهاب دور الـ16 3-0 بأهداف عمرو الصفتي ومحمود عبد الرازق "شيكابالا" ومحمد إبراهيم. وفي العودة خسر الزمالك 2-1، حيث سجل للزمالك جمال حمزة، لكن الزمالك خرج من دور الثمانية.