عبرت الأمانة العامة لهيئة كبار العلماء عن استنكارها الشديد لحادثتي التفجير اللتين وقعتا في كل من كنيسة مارجرجس بمدينة طنطا، ومحيط الكنيسة المرقسية بالإسكندرية وأسفرتا عن سقوط عشرات القتلى والجرحى. وأكدت الأمانة العامة لهيئة كبار العلماء أن هذين التفجيرين الإرهابيين عمل إجرامي محرم شرعًا بإجماع المسلمين، «وذلك لأنه هتك لحرمات الإسلام المعلومة منه بالضرورة، ففيه هتك لحرمة الأنفس المعصومة، وهتك لحرمة الأموال المحرمة، وهتك لحرمات الأمن والاستقرار وحياة الناس ودورهم ودور عباداتهم، يضاف إلى ذلك أنه اشتمل على أنواع من المحرمات في الإسلام بالضرورة: من غدر وخيانة وبغي وعدوان وإجرام آثم وترويع للآمنين، وكل هذه قبائح منكرة يأباها ويبغضها الله ورسوله صلى الله عليه وسلم». وقالت الأمانة العامة في بيان: «لما كانت حرمة الدم الإنساني وترويع الآمنين معلومة من الدين الإسلامي بالضرورة؛ فقد أجمع علماء المسلمين قاطبة- سواء ما صدر منهم مجتمعين أو منفردين- على تجريم هذه الأفعال وهذه المسالك، والرد على مزاعم هؤلاء الإرهابيين وشبههم، وكيف يتصور أن يستجيز عاقل فضلا عن عالم بشرع الله وحدوده هذه التصرفات ويسوغ هذه الأفعال وقد روعوا الآمنين، ونقضوا العهود، وخفروا الذمم، وتجاوزوا على ولاة الأمور، وسعوا في الأرض فسادًا، وما أبشع وأعظم جريمة من تجرأ على حرمات الله وظلم عباده، فقتل النفس بغير حق من أكبر الكبائر». وأشار البيان إلى أن قضية الإرهاب والإفساد في الأرض، شر يجب التعاون على اجتثاثه واستئصاله، فقد عانت منه دول وذاقت من ويلاته مجتمعات بدرجات متفاوتة، يأتي في طليعتها العالم الإسلامي، مؤكدا أن الإرهاب لا يعرف وطنا ولا جنسا ولا دينا ولا مذهبا ولا زمانا ولا مكانا، وأن مشاعر الناس كلها تلتقي على رفضه واستنكاره والبراءة منه ومن أصحابه. وأضاف البيان: «إن المسلمين يقفون مع العالم كله في شجبه وإدانته واستنكاره، وفي هذا الصدد ينبغي التعاون الدولي الصادق لتجفيف منابعه ومحاربة جماعاته ومن يقف وراءها». وأكدت الأمانة العامة لهيئة كبار العلماء أن العالم أمام فرصة حقيقية لإقامة نظام عالمي: قوامه العدل، والنزاهة، واحترام الشعوب وخصوصياتهم. وقالت: «إن الأمانة العامة لهيئة كبار العلماء إذ تبين ذلك؛ لتعلن أن الإسلام بريء من هذه الأعمال ومن أصحابها، وهو تصرف من أصحاب فكر منحرف وعقيدة ضالة، فهم يحملون إثمه وجرمه، فلا تحتسب أعمالهم على الإسلام ولا على المسلمين المهتدين بهدي الإسلام، المعتصمين بالكتاب والسنة، المستمسكين بحبل الله المتين».