مع بدء أعمال تقييم الترشيحات التي استقبلتها الأمانة العامة لجائزة الملك فيصل العالمية، أكدت الأمانة العامة للجائزة على اعتمادها معايير تقييم علمية ومنهجية وفق أفضل الممارسات الدولية وذلك في كافة مراحل الجائزة بدءاً من استقبال الترشيحات وحتى اختيار الأعمال الفائزة. وتتكون مراحل التقييم من عدة خطوات تبدأ بتوجيه الأمانة العامة للجائزة دعوات الترشيح إلى الجامعات والمنظمات والهيئات الإسلامية ومراكز البحوث والمؤسسات العلمية في مختلف أنحاء العالم. ويلي ذلك استقبال الترشيحات والنظر فيها للتأكد من ارتباطها بموضوع الجائزة لكل فرع واستيفائها للشروط النظامية المنصوص عليها في شروط الترشيح الموضوعة لكل جائزة. ثم تقوم الأمانة العامة بعرض الأعمال المرشحة على خبراء متخصصين في موضوعات الجائزة من ذوي الكفاءات العلمية ليقوموا بمراجعتها مراجعةً مستفيضةً استناداً إلى منهجيةٍ منضبطةٍ لضمان ارتقاء الأعمال إلى مستوى المنافسة. وتتمثل الخطوة التالية في التشاور مع الجامعات والمؤسسات العلمية والأكاديمية من أجل انتقاء حكام عالميين من المشهود لهم في اختصاصاتهم للاطلاع على الأعمال المرشحة وتقييم الإنتاج العلمي وكتابة تقارير عن كل مرشح مدعوماً بتوصيات المحكمين ويتم اختيار محكمين من جنسيات مختلفة ومراكز علمية متعددة ضماناً للحيادية والعدل والشفافية. وبعد وصول تقارير الحكام للأمانة العامة، يتم عرضها مع الترشيحات للجنة الاختيار المختصة بكل فرع للجائزة والتي تقوم بمراجعة تقارير المحكمين والنظر في الأعمال المرشحة ومن ثم اختيار فائز أو أكثر بالجائزة أو حجبها. ويكون قرار هذه اللجنة المستقلة نهائياً لا رجعة فيه.