اعتمدت وزارة الزراعة تطبيق آلية لضبط المخالفين لأحكام نظام الرفق بالحيوان تضمنت التحفظ على الحيوانات المهملة والمجهول أصحابها، والتصرف فيها إن لم يظهر ملاكها الأصليون خلال 15 يومًا.   وبحسب ما أفادت به صحيفة "الاقتصادية" الجمعة (23 مايو 2014) فقد وضعت الوزارة لائحة تنفيذية من خلال توقيع العقوبات المناسبة على المخالفين.   وحدد نظام الرفق بالحيوان لدول مجلس التعاون لدول الخليج العربية غرامة 50 ألف ريال للمتعدين على حقوق الحيوانات والمخالفين للنظام، حيث منحت وزارة الزراعة الحق بسحب الترخيص الممنوح لتشغيل المنشأة الحيوانية، إذا ثبت انتهاك صاحب الترخيص لقانون الرفق بالحيوان.   وأعطت لوائح القانون الحق للموظفين المخولين بالتفتيش دخول أي منشأة، سواء كانت عامة أو خاصة للتفتيش، والتأكد من تطبيق أحكام قانون الرفق بالحيوان، وأنه يجوز له الاستعانة بالأجهزة الأمنية للتفتيش.