في الوقت الذي أعلنت إدارة دونالد ترمب عزمها التصدي لتمويل الإرهاب، وجهت مؤسسة أميركية اتهامات لقطر بتمويل القاعدة في سوريا ومنظمات متطرفة أخرى، سواء بشكل مباشر أو غير مباشر. وترعى قطر تنظيمات متطرفة، مثل الإخوان المسلمين مروراً بتنظيم طالبان، وصولاً إلى جبهة النصرة (فرع القاعدة في سوريا). وتمول الدوحة هذه التنظيمات سواء بشكل علني أو سراً، بحسب ما كشفه تقرير لـ"مؤسسة الدفاع عن الديمقراطيات". وقد فُضِح التمويل القطري لمنظمات إرهابية أكثر من مرة على نطاق دولي واسع. وعلى سبيل المثال، فإن وزارة الخزانة الأميركية وثقت في العام 2013 تورط قطر في تقديم دعم للقاعدة بلغ 600 ألف دولار، وذلك عن طريق عبدالرحمن النعيمي. كما قدمت قطر، بحسب التقرير، دعماً سياسياً ومالياً وإعلامياً لمنظمات متطرفة في سوريا من بينها جبهة النصرة الموالية للقاعدة. الدعم المالي الذي تقدمه الدوحة لهذه الجماعات لا يقتصر على التمويل المباشر وجمع التبرعات، بل يأخذ صوراً غير مباشرة، مثل القيام بوساطات للإفراج عن رهائن تحتجزهم الجماعات المتطرفة، مقابل فدى تسهم في تمويل أنشطة هذه الجماعات. ولا يقتصر دعم قطر على الجماعات المتطرفة في الشرق الأوسط بل يتخطاه، ليشمل جماعات متطرفة أخرى كحركة طالبان في أفغانستان التي تستضيف قطر بعثة دبلوماسية لها في الدوحة. وتوسطت قطر في العام 2015 للإفراج عن خمسة من كبار قادة الحركة، الذين كانوا محتجزين في معسكر غوانتنامو مقابل الإفراج عن جندي أميركي خطف في أفغانستان. الدور القطري في تمويل الجماعات الإرهابية أو إيواء إرهابيين ليس جديداً، بل هو سياسة مستمرة منذ عقود، فعلى سبيل المثال في العام 1996 استضافت قطر خالد شيخ محمد، العقل المدبر لهجمات 11 سبتمبر .