تمَثل جماعة «الإخوان المسلمين» في كل بلد أوروبي، وعلى المستوى القاري، مؤسسات كبرى، على غرار اتحاد المنظمات الإسلامية في فرنسا (UOIF)، واتحاد الهيئات والجاليات الإسلامية في إيطاليا، واتحاد المنظمات الإسلامية في أوروبا (UOIE).. الخ.في عام 1996، قام اتحاد المنظمات الإسلامية في فرنسا وبدعم من قطر، بتنصيب تراست أوروبية، وهي، مؤسسة مالية مخصصة لجمع التبرعات من أجل تمويل أنشطتها المختلفة، بما في ذلك المعهد الأوروبي للعلوم الإنسانية سانت ليجيه فورجيري، ورابطة المدارس الإسلامية في أوروبا، والمجلة الفاخرة «الأوروبية».وفي نفس السنة، أنشأت نفس المنظمة الإخوانية بالتنسيق مع المجلس العالمي للشباب المسلم، فرعا خاصا للشباب، سمي منتدى الشباب الأوروبي المسلم ومنظمات طلابية، كان يقودها الإخواني من أصول مصرية وصاحب الجنسية الألمانية إبراهيم الزيات، وكان مقرها بروكسل. وظلت المنظمة تحظى بالرعاية القطرية، تحت مسميات عدة وبأصول استطاعت أن تشكل فروعا في كل أوروبا. نفذت من خلالها إلى الاتحاد الأوربي وحتى مجلس الأمن.ظلت ألمانيا وسويسرا المرتع الخصب لتنظيم الإخوان، إذ سارع «إخوان مصر» في عام 1958، إلى إنشاء أكبر تنظيم لهم في ألمانيا من خلال مؤسسه سعيد رمضان. وأصبح تنظيم إخوان ألمانيا من أقوى المنظمات الإسلامية في أوروبا.بعدها أسس سعيد رمضان المركز الإسلامي في موناكو بافاريا، والمركز الإسلامي في جنيف، الذي لا يزال تقوده الأسرة الرمضانية (الأخوان هاني وطارق رمضان) والذي تدفع لهما قطر أجرا شهريا إضافة إلى إيجار الفيلا التي يستأجرها على ضفاف بحيرة ليمان بجنيف.عندما توفي سعيد رمضان في عام 1995، كلف الابن البكر لسعيد رمضان، أيمن، بإدارة المجلس الجديد للمسجد والمركز الإسلامي. وبعدها تولى هاني رمضان الإدارة، بمساعدة وفاء، أرملة سعيد رمضان، وابنة حسن البنا أروى وأبنائه الثلاثة الذكور ياسر، بلال وطارق. طارق الذي يعتبر الوجه المعهود لدى البلاط القطري والذي ساهم في تأسيس مركز دراسات التشريع الإسلامي والأخلاق الممول من قبل الشيخة موزة. وأصبح مديرا له منذ 15 يناير 2015.هذا الأخير طالما نفى أمام الإعلام ارتباطه الوثيق بتنظيم الإخوان، لكن التحقيقات السويسرية أشارت إلى أن السجل التجاري الأخير من كانتون بجنيف الصادر بتاريخ 19 ديسمبر 2013، يؤكد أن تشكيل مجلس الإدارة والهيكل لم يتغيرا.استطاع الإخوان في أوروبا أن يفرعوا نشاطهم من خلال التمويلات التي كانت تصلهم من أحد أهم الممولين الذي يجمع الأموال من الدول المانحة (قطر والكويت وتركيا) من خلال بنك التقوى الذي كان يديره الملياردير المصري الإخواني يوسف ندى الذي كان يحمل الجنسية الإيطالية. واستطاع هذا الأخير أن يجعل من ميلانو نقطة استقطاب للأموال القطرية والتركية. ويعتبر يوسف القرضاوي من بين المساهمين الكبار في تأسيس بنك التقوى.وبناء على معلومات استخباراتية وخبراء من العديد من الدول الغربية والعربية، فقد وضع البنك تحت المراقبة، ما أثبت أن بنك التقوى قد شكل أحد أهم المراكز الرئيسية للتمويل الإسلامي الدولي بما في ذلك الإرهابي في جميع أنحاء العالم لغاية 11 سبتمبر 2001. كما كشفت التحقيقات المختلفة التي شنت ضد القاعدة في إيطاليا وسويسرا، أن تمويل التنظيمات المتطرفة يتم عبر جمعيات تطلق عليها «المنظمات غير الحكومية في سبيل الله»، ومنها الجمعية التركية Insani Yardim Vakfi المدعومة من قبل حزب العدالة والتنمية والتي تصدرت عناوين الصحف في عام 2010 في قضية أسطول غزة (مرمرة)، باعتبارها مرتبطة بحركة حماس الفلسطينية، والتي تدعم أيضا حركات جهادية في الشيشان والبوسنة وسورية والصومال وليبيا من خلال حركة الشباب وتنظيم القاعدة في المغرب والنصرة بسورية وفجر ليبيا.