توجه الولايات المتحدة منذ سنوات اتهامات مبطنة لقطر بدعم وتمويل تنظيمات مصنفة على أنها إرهابية، تحديدا فرع تنظيم القاعدة في سوريا، فمن وجهة النظر الأمريكية تُعدّ قطر إحدى أهم مصادر التمويل لجبهة النصرة في سوريا. فمع أنها لا توجه اتهامًا رسميًا لقطر بدعم الإرهاب، تشعر واشنطن بالقلق من العلاقة التي تربط قطر بتنظيم القاعدة، تحديدًا فرعها في سوريا. وبحسب تقرير لمعهد واشنطن، فإن معلومات الاستخبارات الأمريكية تؤكد أن تنظيم القاعدة في سوريا، بغض النظر عن اختلاف اسمه من جبهة النصرة إلى جبهة فتح الشام، يحصل على مدخوله بشكل رئيس من التبرعات الخارجية وأموال الفدية. ولا تُعرف ميزانية فرع تنظيم القاعدة في سوريا، لكن مسؤولين أمريكيين يعتقدون أنها قد تصل إلى 10 ملايين دولار سنويًا، عدة ملايين منها تأتي سنويًا من جهات مانحة على رأسها قطر. وتحدثت التقارير الأمريكية عن اسمين معروفين في هذا المجال، هما الكويتي حجاج العجمي الذي استخدم موقع «تويتر» لجمع التبرعات، والمواطن القطري سعد الكعبي الذي نشر نداءات لجمع الأموال لمقاتلي النصرة في سوريا وجماعات متطرفة أخرى. وتقول الاستخبارات الأمريكية إن الكعبي مازال يشارك بنشاط في تمويل القاعدة، ومع ذلك فقد برأته محكمة قطرية من تهمة تمويل الإرهاب العام الماضي، لهذا صنفت وزارة الخزانة الأمريكية قطر عام 2014 بأنها سلطة متساهلة مع تمويل الإرهاب، وبعدها بعام قالت الوزارة أيضا إن مموّلي الإرهاب المصنفين من قبل الولايات المتحدة والأمم المتحدة لا يزالون يمارسون عملهم بشكل علني ومفضوح في قطر التي لم تتخذ أي قرارات جوهرية لردعهم. إلى ذلك، قال نائب الرئيس العراقي أياد علاوي إن قطر عززت خطة للانقسام داخل العراق على أسس طائفية، ودعا المجتمع العربي والعالمي إلى ضرورة محاسبة الدوحة. وأشار علاوي في مؤتمر صحفي في القاهرة إلى أنه كان يجب مواجهة النهج القطري في دعم الجماعات المتطرفة في وقت مبكر، لمنع تدهور الأوضاع في المنطقة، وأضاف أن قطر وإيران احتضنتا مخططًا تقسيم العراق إلى مجتمع سني وآخر شيعي.