جدل كبير دار حول المكان الذي كان يقيم فيه نبي الله يوسف في مصر، البعض قال إنه كان يقيم في منطقة كوم اوشيم بالفيوم جنوب غرب مصر، والبعض أكد أنه كان يقيم في منطقة الأقصر التي كانت تسمى طيبة، وتواجد فيها مقر الحكم ومقر إقامة الحاكم اخناتون، فيما رأى البعض الآخر أنه كان يقيم في منطقة ادفو بأسوان، لكن الحقيقة أنه أقام وعاش في منطقة أرض جوشن المسماة بوادي الطميلات وفي المسافة الممتدة بين محافظتي الشرقية والإسماعيلية. وبحسب «العربية.نت»، قال خبير الآثار الدكتور عبدالرحيم ريحان، مدير عام البحوث والدراسات الأثرية والنشر العلمي بوجه بحري وسيناء، إن دخول نبي الله يوسف مصر كان في عهد الأسرة السادسة عشرة أيام الملك «إبابي الأول» وهو المذكور في التوراة باسم «فوطيفار» عزيز مصر، وقد وجدت لوحة أثرية عبارة عن شاهد قبر ذكر فيه اسم «فوتي فارع»، كما استدل من بعض الآثار عن الأسرة السابعة عشرة على حدوث جدب في مصر قبل هذه الأسرة، وهو ما ذكر في القرآن الكريم والتوراة عن سنوات القحط وبالتالي فدخول نبي الله يوسف وأخوته مصر يكون أقرب لعام 1600 قبل الميلاد وفي عهد الهكسوس. وأضاف «ريحان» إن كلمة إسرائيل تعني عبدالله وذكرت في القرآن الكريم في الآية التي تقول «أولئك الذين أنعم الله عليهم من النبيين من ذرية آدم وممن حملنا مع نوح ومن ذرية إبراهيم وإسرائيل» سورة مريم 58، وذكروا في القرآن باسم بني إسرائيل نسبة إلى جدهم الأول نبي الله يعقوب، وعاش بنو إسرائيل ومنهم نبي الله يوسف بمصر في أرض جوشن أو جاسان المعروفة الآن بوادي الطميلات، وهو الوادي الزراعي الذي يمتد من شرق الزقازيق بمحافظة الشرقية إلى غرب الإسماعيلية، وذلك حتى ولادة نبي الله موسى عليه السلام، وهو موسى بن عمران بن يصهر بن قاهث ابن لاوي بن يعقوب عليه السلام، وبالتالي فقد جاء نبي الله موسى من نسل لاوي أحد أخوة نبي الله يوسف عليه السلام. ويوضح د. ريحان أن لقب حاكم مصر في فترة الهكسوس كان «ملكا» وليس فرعونا، وكلمة فرعون كانت لقب كل حاكم مصري وليس حاكما بعينه، ومن إعجاز القرآن الكريم أنه ذكر حاكم مصر عند الحديث عن قصة نبي الله موسى وفرعون الخروج بلقب فرعون وليس ملكا كما تقول الآية «نَتْلُو عَلَيْكَ مِن نَّبَإِ مُوسَىٰ وَفِرْعَوْنَ بِالْحَقِّ لِقَوْمٍ يُؤْمِنُونَ» سورة القصص، إلا في سورة يوسف فقد ذكر حاكم مصر باسم «ملك» كما في الآية التي تقول «وَقَالَ الْمَلِكُ ائْتُونِي بِهِ أَسْتَخْلِصْهُ لِنَفْسِي» سورة يوسف 54. «وَقَالَ الْمَلِكُ إِنِّي أَرَىٰ سَبْعَ بَقَرَاتٍ سِمَانٍ يَأْكُلُهُنَّ سَبْعٌ عِجَافٌ وَسَبْعَ سُنْبُلَاتٍ خُضْرٍ وَأُخَرَ يَابِسَاتٍ» سورة يوسف آية 43، وهذا يؤكد دخول نبي الله يوسف وإخوته مصر في عهد الهكسوس. ويتابع د. ريحان أن خروج بني إسرائيل من مصر تم من منطقة «سكوت» كما جاء في التوراة وهي لفظ عبري قديم تعني سوخيت بمعنى الخيام أو المظلات، ويراد بها الأماكن المعدة للمسافرين كاستراحات مؤقتة، وموقعها الآن ما بين صان الحجر والصالحية وفيثوم وهي المدينة التي اكتشفها العالم الفرنسي نافيل عام 1883 وموضعها تل الرطابية غرب بحيرة التمساح.