في اعتراف نادر، أعلن وزير الاستخبارات الإيراني السابق علي فلاحيان أن مجازر الإعدامات الجماعية ضد آلاف السجناء السياسيين من دون محاكمة في الثمانينات تمت بأمر مرشد الثورة الأول آية الله الخميني. وقال فلاحيان في مقابلة تلفزيونية بشأن تلك المجزرة إنه "حسب أوامر الخميني لم يكن معنى لمحاكمة المعارضين وأن حكم مجاهدي خلق وسائر المجموعات المعارضة هو الإعدام"، على حد تعبيره. وأكد وزير الاستخبارات الإيراني السابق بحسب موقع المعارضة أن "آية الله موسوي تبريزي الذي كان المدعي العام لمحكمة الثورة آنذاك قال إنه لا حاجة إلى المحاكمة لا معنى أن نحاكمهم. وكان الإمام الخميني يؤكد دوما أنه يجب أن تحرصوا دوما على أن هؤلاء يجب ألا يفلتوا من بين أيديكم". وأضاف: "كان الخميني يشدّد على تطبيق هذه الأوامر. فهؤلاء حكمهم هو الإعدام. وكان حكم الولي الفقيه هو الإعدام، سواء قبل قضية عام 1988 أو بعدها". وتأتي تصريحات فلاحيان في وقت تحولت فيه قضية مجزرة إعدام 30 ألف سجين سياسي في صيف 1988 إلى حركة حقوقية دولية تطالب بمحاكمة المسؤولين الإيرانيين المتورطين في المجازر. وردا على سؤال بخصوص أن الضحايا في مجزرة العام 1988 كانوا يقضون مدة محكوميتهم، أجاب فلاحيان بالقول إن "حكم هؤلاء هو الإعدام، وإذا كان هناك حاكم شرع لم يصدر حكم الإعدام فهو قد ارتكب مخالفة.. إذن ليكن في ذاكرتنا جميعا أن حكم المنافق المحارب هو الإعدام، وهذه كانت فتوى الإمام الخميني". وأضاف: "كان النقاش يدور حول رأي الإمام الذي كان يقول لماذا أبقيتم هؤلاء أحياء، سواء أولئك الذين كان من المفترض أن يعدموا ولم يتم إعدامهم أو هؤلاء الذين كان من المفترض أن يعدموا ولكنه لم يتم إصدار حكم لإعدامهم". وأقر فلاحيان بأن الكثير من المعتقلين السياسيين في الثمانينات تم إعدامهم لمجرد توزيع صحيفة أو توفير إمكانيات ومواد غذائية لمجموعات المعارضة. وقال في هذا الصدد: "عندما يكون شخص ما عضوا في تنظيم أو مجموعة وهذه المجموعة تقاتل بالسلاح، فإن هذا الفرد سواء كان مسلحا أو غير مسلح، أو كان من يوفر المخبأ أو يقدم إمكانيات للمقاتلين فهؤلاء كلهم ينفذ بهم حد الحرابة"، حسب تعبيره. وكان علي فلاحيان تولى لمدة 8 سنوات في عهد رئاسة رفسنجاني 1989-1997 وزارة المخابرات وهو مطلوب دوليا بسبب دوره المباشر في الاغتيالات ضد المعارضين الإيرانيين خارج البلاد، إضافة إلى قيادة مسلسل الاغتيالات وقتل كثير من المعارضين والمثقفين داخل إيران. كما أنه ضالع بشكل مباشر في قضية قتل قادة الحزب الديمقراطي الكردستاني الإيراني في مطعم ميكونوس في برلين سبتمبر 1992 وهو مطلوب من قبل المحكمة الألمانية وصدر حكم دولي للقبض عليه. ووضعت الشرطة الدولية الإنتربول في العام 2007 اسم فلاحيان في قائمة المطلوبين الرئيسيين دوليا، لدوره في تفجير مركز اليهود في بوينس آيرس، مما أدى إلى مقتل 85 شخصا. وأصدر قاضي التحقيق السويسري جاك آنتنن في 20 مارس 2006 حكما دوليا لدوره في التخطيط والضلوع المباشر في اغتيال الناشط الحقوقي الإيراني الدكتور كاظم رجوي في جنيف في 24 أبريل 1990.