حذرت دراسة طبية من تناول الشوكولاتة، لتأثيرها السلبي على فعالية عقاقير علاج ارتجاع المريء الذي يحدث نتيجة ضعف عضلة المريء السفلى التي تنقبض لوقف العصارة المعدية من التسرب منها، ليتسرب السائل المعدي الحمضي مسببا التهابا. وكشفت الأبحاث، التي أجريت في جامعة نيويورك عن احتواء الشوكولاتة على مزيج من المكونات الكيميائية التي لا تعطي طعما مرا فقط، ولكن من المعروف أنها تؤثر على مستويات مختلف المواد الكيميائية في الدماغ وهي الكافيين والثيوبرومين المعروفة بتنشيطها للجهاز العصبي المركزي. وتشير الأدلة المتوصل إليها إلى دور الكافيين و(الثوبرومين) في تفاقم أعراض ارتجاع المريء عن طريق زيادة إنتاج الحمض المعدي.