قادت أزمة قطر "قناة الجزيرة" إلى قفص الاتهام والملاحقة والعقاب، بصفتها وسيلة إعلامية تحريضية، وذات جسور مشبوهة جداً مع تنظيمات إرهابية بحجم "القاعدة" و"جبهة النصرة"، و تم ضم "قناة الكوثر" من لندن معها بصفتي الدعم للإرهاب والتمويل من قطر. جاء ذلك فِي حلقة نقاش ساخنة نظمتها الفيدرالية العربية لحقوق الإنسان في جنيف بمقرها مساء الاثنين، على هامش الدورة الـ 36 للمجلس، بعنوان "الإعلام والإرهاب في الشرق الأوسط ودور قطر وأذرعها الإعلامية في نشر الكراهية والعنف في المنطقة" استكمالاً لمسار تحذيرات دولية سابقة عن دور الإعلام الممول من قطر في تكريس الكراهية بين الشعوب. وكانت الدول المقاطعة لقطر وضعت ثلاثة عشر اشتراطاً يجب على قطر تنفيذها قبل الجلوس على طاولة المفاوضات، منها اغلاق "قناة الجزيرة" بصفتها صوت الفتنة، و والجسر الممدود بين منظمات ارهابية ، مما نتج عنه دخول "قناة الجزيرة" في ذات قفص الاتهام لناحية دعم الإرهاب وتأجيج الكراهية. وشهدت الحلقة انتقادات حادة من قبل المشاركين في الندوة الذين اتفقوا على مسؤولية "قناة الجزيرة" والاعلام الممول من حكومة قطر عن التحريض على العنف والإرهاب، وأجمع المشاركون بأن "الجزيرة" تدعم بكل قوتها وقواعدها السياسية عبر الحكومة القطرية الإرهاب في الشرق الأوسط والعالم. وقال د.أحمد الهاملي مؤسس ورئيس الفيدرالية العربية إنه "لم يعد مقبولا ان تترك وسائل الإعلام بما فيها الوسائل الممولة من قطر مثل الجزيرة دون حساب بعد كل ما تفعله بالمنطقة". واضاف إن الفيدرالية، كهيئة حقوقية عربية تضم قرابة 40 منظمة عربية تشجع دائما حرية الرأي والتعبير ولكن بما لا يخل بمسؤوليات وسائل الاعلام في الحفاظ على الامن والسلم الوطنيين. واستطرد الهاملي بقوله: اذا كانت الحرية الاعلامية حق، فإن من حق الشعوب والافراد ألا يتعرضوا لخطر الإرهاب والعنف الذي تحرض عليه الجزيرة. مبيناً بأن قوانين الدول الغربية التي يعرف عنها حرصها على حرية الاعلام والتعبير لا تسمح ابدا بالتحريض على العنف أو الكراهية أو القتل. وأشار الإعلامي والكاتب عبدالعزيز الخميس في مداخلته الى أن القضية مهمة لأن العمليات الإرهابية تتم بدعم إعلامي يحرض على العنف، مضيفا أن كثيرا من الجماعات الإرهابية لها علاقات مع جهات إعلامية مدعومة من قطر مثل قناتي الجزيرة" ، من الدوحة، و"الكوثر" من لندن. واستطرد الخميس ضاربا مثالا بعلاقة "الجزيرة" بأسامة بن لادن، زعيم "تنظيم القاعدة" الهالك، موضحا بان "الجزيرة" كانت تطلب مني عندما أشارك بمداخلات معهم أن أقرن اسم بن لادن بوصف الشيخ. وعبر الخميس عن اعتقاده بأن الهدف كان "إضفاء القدسية على شخصية بن لادن". وضرب مثالا آخر باستضافة "الجزيرة" لأبي محمد الجولاني زعيم "جبهة النصرة" الإرهابية. فيما حذرت بيجه فاتيني، الباحثة والمعارضة الإيرانية، من خطورة ترك الإعلام يشجع على الإرهاب، ونبهت إلى أن بعض وسائل الإعلام ومنها "الجزيرة" تنشر تصريحات ومواقف الإرهابيين دون أن تفندها أو تبين مواطن ضعفها وخطورتها. من جانبه استشهد السفير اليمني السابق علي عبدالله البجيري بتأثير تجربة "قناة الجزيرة" على بلاده، وقال :الجزيرة ما هي إلا بوق للإرهاب ولم تعد هناك حاجة للتدليل على ذلك، وأضاف أن هذه القناة لا تقدم سوى السلبيات والعنف ولا تعرض أي إيجابيات.