يملك الهلال الحظ الأوفر خلال لقاءاته أمام الأندية اليابانية في الدور النهائي للبطولات الآسيوية، وعقب تغلب أوراوا ريد دايموندز الياباني على شنغهاي الصيني وتأهله لملاقاة الهلال في نهائي دوري أبطال آسيا، فإن الهلال لم يلعب أمام الأندية اليابانية في الدور النهائي للبطولات الآسيوية بمختلف مسمياتها، سوى مرتين، وكانت إحداها أمام ناغويا غرامبوس موسم 1996 – 1997 وجوبيلو إيواتا 1999 – 2000 واستطاع حصد كلا البطولتين. وخاض الهلال بطولة كأس الكؤوس الآسيوية موسم 1996 – 1997 كونه حاز لقب الدوري المحلي للعام الذي سبق المنافسة، وتعتمد البطولة آنذاك، على خوض أبطال الدوريات المحلية في الدول الآسيوية مباريات ذهاب وإياب من أدوار إقصائية وليست مجموعات، ضد كل فريق وصولا إلى النهائي. وتغلب الهلال ذهاباً على النصر العماني بخمسة أهداف نظيفة في الدور ربع النهائي قبل أن ينسحب النصر من الإياب، ليحتسب الهلال فائزاً ويعبر للدور نصف النهائي، ودور النصف النهائي يلعب بمباراة واحدة هو والنهائي، وتغلب الهلال في نصف النهائي على استقلال طهران بركلات الترجيح، قبل أن يصل للنهائي ويتغلب على ناغويا غرامبوس الياباني بنتيجة ثلاثة أهداف مقابل هدف، ويتوج بأول بطولة أمام الأندية اليابانية والذي أقيم على استاد الملك فهد بالرياض. وكان آخر نهائي للهلال بمواجهة نادٍ ياباني في موسم 1999 – 2000 أمام جوبيلو إيواتا الياباني، والذي أيضا أقيم على استاد الملك فهد بالرياض، وتقدم فيه الهلال بهدف عن طريق البرازيلي سيرجيو إلا أن الضيوف أحرزوا هدفين متتابعين في الشوط الأول، ما دفع الهلال لإحراز هدف في الشوط الثاني وتمديد المباراة لأشواط إضافية، تسيد فيها سيرجيو اللقاء بعد أن أحرز الهدف الثالث له ولفريقه في الشوط الإضافي الأول وتنتهي المباراة بهذا الهدف الذهبي، ويحقق آخر انتصار للهلال على الأندية اليابانية في الدور النهائي من بطولات الأندية الآسيوية، سواء كأس الكؤوس الآسيوية، البطولة الآسيوية للأندية أبطال الدوري بمسمياتها القديمة، أو مسماها الجديد دوري أبطال آسيا. ولعب الهلال بطولة كأس السوبر الآسيوي من نسخة عام 2000 ونال لقب البطولة على حساب شيميزو إس بالس الياباني بعد أن فاز ذهابا بهدفين لهدف خارج أرضه، ويتعادل إيابا بهدف لمثله، ليحرز بطولة السوبر والتي كانت تلعب بين بطلي كأس الكؤوس الآسيوية والبطولة الآسيوية للأندية أبطال الدوري.