وجه الرئيس العام لشؤون المسجد الحرام والمسجد النبوي الشيخ الدكتور عبدالرحمن بن عبدالعزيز السديس بتشكيل لجنة عليا في الرئاسة مكونة من عدد من الإدارات كإدارة الأمن الفكري وإدارة التوجيه والإرشاد وإدارة معهد الحرم وكلية المسجد الحرام. وأكاديمية المسجد الحرام ووحدة الحوار ووحدة الوسطية والاعتدال ووحدة أمن المعلومات ومكتبة الحرم. تقوم من خلالها هذه اللجنة برصد ومعالجة الأفكار المتطرفة وتفنيد الشبهات الفكرية بحزمة من اللقاءات والبرامج والفعاليات والمناشط التوعوية والتثقيفية والكتب الموثوقة. كما تعنى اللجنة برصد مدى تأثر بعض منسوبي الرئاسة بأفكار الجماعات المتطرفة والتنظيمات المحظورة وذلك أثناء أداء أعمالهم المتنوعة أو عبر مشاركاتهم العلمية أو الدعوية أو الإعلامية والإعلام الجديد وتطبيق الأنظمة في حق من يثبت انتماؤه وتعاطفه مع هذه الجماعات والتيارات وإحالة من يثبت تأثره بأفكارهم للجهات المختصه لتطبيق الأنظمة في حقهم. كما تقوم اللجنة بتضمين مناهج ومقررات الدراسة والتدريب التي يستفيد منها منسوبو الرئاسة وموظفوها مواداً تتضمن الاهتمام بالأمن الفكري وتعزيز الحوار وتحقيق الوسطية والاعتدال وتفنيد الشبهات التي تقوم عليها الأسس الفكرية لهذه الجماعات المتطرفة المخالفة لما استقر عليه الأمر في هذه البلاد المباركة وما سار عليه ولاة أمرها وكبار علمائها حفظهم الله. وتعمل الرئاسة على إعداد برامج متنوعة تستهدف منسوبيها وموظفيها لتفنيد الشبه التي جاءت بها هذه الجماعات المتطرفة, وذلك من خلال عقد محاضرات وندوات ولقاءات, ودورات توعوية يقوم بها كبار العلماء وأئمة الحرمين لتوعية منسوبيها من خطر هذه الأفكار على العقيدة والشريعة ووحدة الوطن والعناية بفحص ورصد التوجهات الفكرية ضمن المقابلات الوظيفية التي تجريها الرئاسة للمتقدمين على وظائفها وذلك لهدف التحصين والتحقق من عدم تأثر من يلتحقون بهذه الوظائف بأفكار وتوجهات التيارات المنحرفة والجماعات المحظورة. وقد وجه الرئيس العام بتطبيق هذا النوع من المقابلات على جميع المتقدمين على وظائف الرئاسة. كما تنظم الرئاسة العديد من اللقاءات والبرامج لمنسوبيها في الأمن الفكري وتعزيز الوسطية والاعتدال وحماية الوحدة الوطنية وتعزيز قيم المواطنة واللحمة بين الراعي والرعية ومنها رسالة أئمة الحرمين الشريفين في تعزيز الوسطية والاعتدال سيراً على التوجيهات السديدة للقيادة الرشيدة.