رئيس دولة جنوب السودان سلفا كير الخميس الخرطوم بتصدير السلاح في الحرب الجارية في بلاده والتي تسببت بمقتل عشرات الآلاف. وقال كير خلال مؤتمر صحافي مشترك مع الرئيس السوداني عمر البشير في الخرطوم "إن كان هناك شخص يمكن أن يتهم الآخر، فأنا يمكنني أن أتهم السودان" مؤكدا أن الجارة الشمالية هي "مصدر السلاح الذي يأتي لجنوب السودان ويخلق لنا المشكلات". وجاءت اتهامات كير في اليوم الثاني لزيارته للخرطوم الهادفة إلى حل القضايا العالقة بين البلدين بما في ذلك الاتهامات المتبادلة بدعم المعارضين. وبسبب عدم حسم هذه القضايا، ظلت العلاقة بين الخرطوم وجوبا متوترة من حين لآخر منذ انفصال جنوب السودان عام 2011. وتتهم الخرطوم جارها الجنوبي بدعم المتمردين الذين يقاتلونها في أقاليم دارفور وجنوب كردفان والنيل الأزرق . وفي ذات الوقت يتهم جنوب السودان الخرطوم بمساندة تمرد رياك مشار في الحرب الأهلية المستمرة هناك. وجدد كير الخميس الاتهام للخرطوم بأنها تستضيف مناصري مشار. وقال إن مناصري "مشار بعد إن فروا من جنوب السودان قدموا إلى هنا ويمكنني أن أعطي أسماءهم الآن". وفي 27 سبتمبر/أيلول 2012، وقع السودان وجنوب السودان على 9 اتفاقيات للتعاون المشترك في العاصمة الإثيوبية أديس أبابا. وتتضمن الاتفاقيات مجالات النفط والمسائل الاقتصادية والترتيبات المالية الانتقالية ورسوم عبور وتصدير نفط جنوب السودان عبر الأراضي السودانية إضافة إلى التجارة الحدودية بين البلدين. ونصت الاتفاقيات أيضا على اقتطاع منطقة حدودية بمسافة 10 كيلومترات على طرفي الحدود ينزع سلاحها وتسحب منها الجيوش، حيث أطلق عليها "المنطقة منزوعة السلاح". ويعيش في المناطق الواقعة على طرفي الحدود بين الدولتين قرابة 13 مليون نسمة من مجموع سكان البلدين المقدر بأكثر من 50 مليون. وقتل آلاف الأشخاص في جنوب السودان ونزح ملايين آخرون بسبب هذه الحرب الأهلية. وفر أكثر من 450 ألف لاجئ جنوب سوداني إلى السودان منذ اندلاع الحرب بحسب الأمم المتحدة، بينما تؤكد الخرطوم أن عددهم 1.3 مليون شخص. ونزح مئات الآلاف من مواطني دولة جنوب السودان إلى السودان هربا من القتال والأوضاع الإنسانية القاسية التي ترتبت عن الحرب. ورفض السودان اعتبار مواطني دولة جنوب السودان "لاجئين" بل اعتبرهم مواطنين ومنحهم حقوق المواطنة كاملة.