أقر مجمع الفقه الإسلامي عدم جواز إجراء الفحص الخاص بالبصمة الوراثية إلا بطلب من القضاء، وأن يكون في مختبرات للجهات المختصة، ومنع القطاع الخاص من إجراء الفحص نظراً لما يترتب على ذلك من مخاطر كبيرة. وخلص المجمع في دورته السادسة عشرة التي انعقدت في مقر رابطة العالم الإسلامي بمكة المكرمة في الفترة من 21 ـ 26 شوال 1422هـجرية حول موضوع «البصمة الوراثية ومجالات الاستفادة منها» إلى أنه لا مانع شرعاً من الاعتماد على البصمة الوراثية في التحقيق الجنائي واعتبارها وسيلة اثبات في الجرائم التي ليس فيها حد شرعي ولا قصاص، واستعمال البصمة الوراثية في مجال النسب لا بد ان يحاط بمنتهى الحذر والحيطة والسرية. وأضاف: لا يجوز شرعا الاعتماد على البصمة الوراثية في نفي النسب ولا يجوز تقديمها على اللعان، ولا يجوز استخدام البصمة الوراثية بقصد التأكد من صحة الانساب الثابتة شرعاً، ويجوز الاعتماد على البصمة الوراثية لاثبات النسب في الحالات، وحالات التنازع على مجهول النسب بمختلف صور التنازع التي ذكرها الفقهاء، وحالات الاشتباه في المواليد في المستشفيات ومراكز رعاية الاطفال ونحوها، والاشتباه في اطفال الأنابيب، وحالات ضياع الأطفال واختلاطهم، بسبب الحوادث او الكوارث، أو الحروب.