نفت أكاديمية الفنون برئاسة الدكتورة أحلام يونس، ما تردد خلال الآونة الأخيرة حول إلغاء المجلس الأعلى للجامعات، اعتماد شهادات خريجي الأكاديمية؛ بسبب عدم تسديد مبالغ مالية قيمة رسوم هذه الشهادات لدى المجلس، وأيضًا عدم صحة مخاطبة الأكاديمية لوزارة الثقافة للتوسط للإعفاء من هذه الرسوم. وقالت "يونس"، فى بيان لها، "إن هذه المزاعم لا أساس لها من الصحة، وما هي إلا شائعات مغرضة تم نشرها بواسطة بعض الأشخاص ممن لهم أهواء شخصية حاولوا من خلالها زعزعة استقرار العملية التعليمية فى أعرق مؤسسة تعليمية فنية وثقافية فى الشرق الأوسط". كانت أنباء قد تم تداولها حول رفض الدكتورة أحلام يونس التعامل بجدية مع طلب المجلس الأعلى للجامعات منذ عام ونصف بإرسال اللائحة الجديدة وتوصيف المناهج، بالإضافة إلى رسوم الاعتماد لكل مادة طبقا لمعايير الجودة، حيث إن المبلغ المطلوب لكل مواد المعاهد والدراسات العليا مليون و160 ألف جنيه فى 8 سنوات قادمة، وبعد عدم تعامل الدكتورة أحلام رئيس الأكاديمية مع الأمر بعث المجلس الأعلى للجامعات بخطاب يفيد إلغاء اعتماد كل الشهادات لخريجي الأكاديمية بما فيها الدراسات العليا، فاستنجدت بوزير الثقافة إعفاءها من الرسوم لكنه رد عليها بطلب السند القانونى للإلغاء. وقد انتشر بالتزامن مع تداول هذه الانباء خطاب من مكتب وزير الثقافة حلمى النمنم موجه للدكتورة أحلام يونس رئيس اكاديمية الفنون يفيد بضرورة موافاتهم بسند قانونى لطلب الإعفاء من الرسوم ومذكرة شارحة لأسباب الإعفاء للأكاديمية من الرسوم ، حتى يتسنى مخاطبة المجلس الاعلى للجامعات . وجاء بيان أكاديمية الفنون لينهى الأزمة التى تسببت فى حالة من القلق بين طلبة أكاديمية الفنون، وذلك بعدما أثير حول قرار المجلس الأعلى للجامعات، إلغاء اعتماد الشهادات، سواء مرحلة البكالوريوس، أو الدراسات العليا.