أصدرت الهيئة العامة للزكاة والدخل آليات تحمل الدولة لضريبة القيمة المُضافة على الخدمات الصحية المقدمة للمواطنين من قبل القطاع الصحي الخاص، وذلك التزاماً بالأمر الملكي رقم (أ/86) بتاريخ 18/ 4/ 1439 هـ، الذي يقضي أن تقوم الدولة بتحمل ضريبة القيمة المُضافة عن الخدمات الصحية المقدمة للمواطنين من المستشفيات والمراكز الطبية الخاصة المسجلة بنظام ضريبة القيمة المضافة. ‎وأكدت أن الضريبة التي ستتحملها الدولة تشمل النسبة الأساسية (5%) على المبالغ المدفوعة نقداً من قِبَل المواطنين عن كامل الخدمة الصحية الخاضعة للضريبة، أو ما يتحمله المواطن المؤمن عليه من ضريبة مقابل أي مبالغ إضافية يقوم بسدادها بنفسه كنسبة التحمل المتفق عليها مع شركات التأمين، وستتحمل شركات التأمين سداد ضريبة القيمة المُضافة عن الخدمات الصحية المغطاة بواسطة وثيقة التأمين للمؤمن لهم في حدود النسبة التي تتحملها الشركة . وأوضحت الهيئة العامة للزكاة والدخل أنه وفقاً للآليات المتبعة ، التي تم التوافق عليها مع وزارة الصحة، ستقوم المستشفيات والمراكز الطبية الخاصة المسجلة في نظام ضريبة القيمة المضافة بإصدار فواتير ضريبية للمواطنين السعوديين فيما يخص قيمة الخدمات الصحية المقدمة لهم بدون ضريبة القيمة المضافة بعد التأكد من هوية متلقي الخدمة، وعلى مقدمي الخدمات الصحية الخاصة إدراج بيانات الهوية الوطنية لمتلقي الخدمة على الفاتورة الضريبية الصادرة. أما الخدمات التي تقدم لغير المواطنين فتكون خاضعة لضريبة القيمة المُضافة، وعلى الجهة المقدمة للخدمات الصحية لغير المواطنين إصدار فواتير ضريبية متضمنة ضريبة القيمة المضافة بنسبة (5%) طبقا لما ورد بنظام ضريبة القيمة المضافة ولائحته التنفيذية. وعن تقديم الإقرار الضريبي عبر الموقع الالكتروني لضريبة القيمة المضافة، أفادت الهيئة بأنه يتعين على مقدمي الخدمات الصحية الخاصة إدراج المعاملات الخاصة بغير المواطنين والخاضعة لفئة 5% في بند "المبيعات المحلية الخاضعة للنسبة الأساسية" بالإقرار، بينما يتم ادراج المعاملات الخاصة بالمستفيدين من المواطنين في بند" المبيعات للمواطنين (الخدمات الصحية الخاصة/التعليم الأهلي الخاص/ المسكن الأول) ". وجددت الهيئة تأكيدها على أحقية المنشآت العاملة في هذا القطاع والمسجلة في الضريبة بخصم الضريبة المستحقة على المدخلات طبقاً لما ورد بنظام ضريبة القيمة المضافة ولائحته التنفيذية، وكذلك على ضرورة فصل الأدوية والمعدات الطبية الخاضعة للضريبة بنسبة صفر بالمائة في الفاتورة الضريبية. وكانت الهيئة العامة للزكاة والدخل قد أصدرت في وقت سابق وقبل البدء بتطبيق ضريبة القيمة المضافة بالتعاون مع وزارة الصحة والهيئة العامة للغذاء والدواء، قائمة الأدوية والمعدّات الطبية المؤهلة التي ستخضع للضريبة بنسبة صفر بالمائة، والتي تشمل الأدوية والعلاجات، بالإضافة إلى المعدّات والأجهزة الطبية وكذلك الأجهزة الخاصّة بذوي الاحتياجات الخاصّة.