عدّت الهيئة العامة للمنافسة التسرب الوظيفي، والتداخل بين اختصاصات الهيئة وبعض الهيئات التنظيمية، من أبرز التحديات المؤسسية والتنظيمية والإدارية التي تواجهها، مؤكدة أنها تستهدف في نظامها المعدل تطبيق أنظمة شاملة، تراقب عمل كل المؤسسات والشركات، وتحقق قواعد المنافسة العادلة على جميع المنشآت التجارية، بغض النظر عن ملكيتها وطبيعتها. تحديات تواجهها الهيئة عدم القدرة على استقطاب الكفاءات ضعف الحوافز المادية والامتيازات استثناء الجهات التابعة للدولة من تطبيق المنافسة أقرت الهيئة العامة للمنافسة أنها تواجه عددا من التحديات المؤسسية والتنظيمية والإدارية، ومن أهمها استثناء المؤسسات العامة والشركات المملوكة للدولة من تطبيق نظام المنافسة، مؤكدةً أن الهيئة تستهدف في نظامها المعدل تطبيق أنظمة شاملة تراقب عمل كافة المؤسسات والشركات بمختلف أنواعها وتحقق قواعد المنافسة العادلة على جميع المنشآت التجارية بغض النظر عن ملكيتها وطبيعتها. أظهر تقرير حديث صادر عن الهيئة العامة للمنافسة، أن التداخل بين اختصاصات ومهام الهيئة وبعض الهيئات التنظيمية يعد من التحديات الأساسية. لذا توصي بمراجعة الأنظمة والقرارات في الهيئات التنظيمية الأخرى والتأكد من انسجامها مع نظام المنافسة وذلك لضمان عدم ازدواجيتها أو تضاربها مع نظام المنافسة ولائحته التنفيذية. قالت الهيئة، إنه من ضمن التحديات أيضاً التسرب الوظيفي وعدم القدرة على استقطاب كفاءات مميزة لضعف الحوافز المادية والامتيازات، مبينةً أنها تسعى إلى إقرار اللوائح المالية والإدارية التي تكفل لمنسوبي الهيئة كادراً مادياً مميزاً مماثلاً للهيئات الأخرى ويساعد في استقطاب الكفاءات المؤهلة ويحافظ عليها. فيما يتعلق بالخطة المستقبلية للهيئة، أضافت أنها تسعى إلى وضع خريطة عمل مستقبلية تهدف إلى القيام بتنفيذ المهام والمسؤوليات التي أوكلت إليها بموجب تنظيم الهيئة الصادر بتاريخ 20/1/1439 ومن ذلك، متابعة ودراسة الشكاوى والمبادرات القائمة والجديدة، ومتابعة تنفيذ القرارات والأحكام التي صدرت وفقاً لأحكام النظام والأنظمة ذات الصلة، بالإضافة إلى الاستمرارية في رفع الدعاوى ومتابعة القضايا لدى لجنة الفصل، وديوان المظالم، وإعداد الردود والمذكرات الجوابية. ومن ضمن الخطة المستقبلية كذلك إعداد اللوائح المالية والإدارية، وإعداد الهيكل التنظيمي، وإعداد الإطار العام لاستراتيجية الهيئة، إضافةً إلى تدشين الهوية البصرية الجديدة، وتطوير البنية التقنية ورفع كفاءتها، وتدشين التطبيق الإلكتروني للهيئة.