يعاني متحف آثار بني سويف من الإهمال من قبل المسؤولين بالوزارة، سنوات طويلة قاربت العقد من الزمن.وباتت جميع القطع الأثرية التي تمثل جميع القرون والعصور، والتي تزيد علي 3 آلاف قطعة أو يزيد مهددة بالإبادة. والمتحف تم إنشاؤه أوائل التسعينات علي مساحة 4 آلاف متر يضم آثارا من كل العصور الفرعونية والقبطية والإسلامية كما إنه يضم مجموعة من التحف من جميع مراكز المحافظة الأثرية ويحتوي المتحف علي ما لا يقل عن 3 آلاف قطعة أثرية نادرة. وفي عام 2008 قرر وزير الآثار تطوير المتحف وتم تشوين القطع الاثرية في المخازن التي أصبحت منذ ذلك التاريخ مقبرة للقطع الأثرية خاصة بعد أن غمرتها المياه الجوفية عام 2007 وأغرقتها وأتلفت العديد منها خاصة التوابيت الخشبية المزخرفة والنادرة.وبدأت أعمال التطوير إلي أن توقفت في فترة لاحقة لضعف التمويل المالي. علما بأن المتحف به أكثر من 100 موظف وموظفة وتعتبر مرتباتهم وحوافزهم التي تتكبدها الدولة دون عمل إهدارا للمال العام "موظفين بدون وظائف ",كما أن المتحف يزوره زائر واحد في العام ولا يوجد له أي دخل.ومن المقرر أن تشمل أعمال التطوير ,إعادة تأهيل البدروم، وعمل منظومة أمنية حديثة من كاميرات للمراقبة وأجهزة إنذار ضد السرقة، وإضافة نظم تكييف للهواء في جميع أنحاء المتحف، وعمل نظام مكافحة الحريق داخل وخارج مبني المتحف.ومنذ ذلك الحين 2008 تم إخلاء المتحف وتغليف وتشوين القطع الخاصة به داخل صناديق، وتم تشوينها بالمخزن الموجود بالبدروم، بناء علي موافقة رئيس قطاع المتاحف الصادرة في 11/9/2012، التي أحال فيها الموافقة علي تشوين المتحف إلي الأمين العام الذي وافق علي تشوين المتحف في 17/9/2012، وأحالها رئيس القطاع إلي نائبه لاتخاذ الإجراءات في ضوء موافقة الأمين العام، ومن ثم إلي مدير عام المتحف. ثم توقفت الأعمال التكميلية بالموقع العام والمتحف منذ 28 /3/2013 مع استمرار أعمال التجفيف في الموقع وفك الأرضيات الرخامية التالفة في الممر الشرقي شمال المتحف، ودراسة نوعيات الرخام الخاص باستكمال الأعمدة بالواجهات، وكذلك يافطة اسم المتحف، والمداخل والمخارج، وغلق الشبابيك الخاصة بالمتحف أو الإبقاء عليها ضمن خطة تطوير.